Add some simple gmsh reading tests

inducer · May 7, 2024 · 6b19818 · 6b19818
1 parent 287f4c1
commit 6b19818
Show file tree

Hide file tree

Showing 5 changed files with 232 additions and 2 deletions.
diff --git a/test/3x3.msh b/test/3x3.msh
@@ -0,0 +1,38 @@
+$MeshFormat
+2.2 0 8
+$EndMeshFormat
+$PhysicalNames
+1
+2 10 "fluid"
+$EndPhysicalNames
+$Nodes
+16
+1 0 0 0
+2 1 0 0
+3 1 0.5 0
+4 0 0.5 0
+5 0.3333333333333333 0 0
+6 0.6666666666666666 0 0
+7 1 0.1666666666666667 0
+8 1 0.3333333333333333 0
+9 0.6666666666666667 0.5 0
+10 0.3333333333333334 0.5 0
+11 0 0.3333333333333334 0
+12 0 0.1666666666666667 0
+13 0.3333333333333334 0.1666666666666667 0
+14 0.3333333333333334 0.3333333333333333 0
+15 0.6666666666666667 0.1666666666666667 0
+16 0.6666666666666667 0.3333333333333333 0
+$EndNodes
+$Elements
+9
+1 3 2 10 1 1 5 13 12
+2 3 2 10 1 12 13 14 11
+3 3 2 10 1 11 14 10 4
+4 3 2 10 1 5 6 15 13
+5 3 2 10 1 13 15 16 14
+6 3 2 10 1 14 16 9 10
+7 3 2 10 1 6 2 7 15
+8 3 2 10 1 15 7 8 16
+9 3 2 10 1 16 8 3 9
+$EndElements
diff --git a/test/3x3_bound.msh b/test/3x3_bound.msh
@@ -0,0 +1,54 @@
+$MeshFormat
+2.2 0 8
+$EndMeshFormat
+$PhysicalNames
+5
+1 2 "Left"
+1 3 "Right"
+1 4 "Bottom"
+1 5 "Top"
+2 1 "fluid"
+$EndPhysicalNames
+$Nodes
+16
+1 0 0 0
+2 1 0 0
+3 1 0.5 0
+4 0 0.5 0
+5 0.3333333333333333 0 0
+6 0.6666666666666666 0 0
+7 1 0.1666666666666667 0
+8 1 0.3333333333333333 0
+9 0.6666666666666667 0.5 0
+10 0.3333333333333334 0.5 0
+11 0 0.3333333333333334 0
+12 0 0.1666666666666667 0
+13 0.3333333333333334 0.1666666666666667 0
+14 0.3333333333333334 0.3333333333333333 0
+15 0.6666666666666667 0.1666666666666667 0
+16 0.6666666666666667 0.3333333333333333 0
+$EndNodes
+$Elements
+21
+1 1 2 2 1 1 12
+2 1 2 2 1 12 11
+3 1 2 2 1 11 4
+4 1 2 3 1 7 2
+5 1 2 3 1 8 7
+6 1 2 3 1 3 8
+7 1 2 4 1 5 1
+8 1 2 4 1 6 5
+9 1 2 4 1 2 6
+10 1 2 5 1 3 9
+11 1 2 5 1 9 10
+12 1 2 5 1 10 4
+13 3 2 1 1 12 13 5 1
+14 3 2 1 1 11 14 13 12
+15 3 2 1 1 4 10 14 11
+16 3 2 1 1 13 15 6 5
+17 3 2 1 1 14 16 15 13
+18 3 2 1 1 10 9 16 14
+19 3 2 1 1 15 7 2 6
+20 3 2 1 1 16 8 7 15
+21 3 2 1 1 9 3 8 16
+$EndElements
diff --git a/test/3x3_minus.msh b/test/3x3_minus.msh
@@ -0,0 +1,38 @@
+$MeshFormat
+2.2 0 8
+$EndMeshFormat
+$PhysicalNames
+1
+2 10 "fluid"
+$EndPhysicalNames
+$Nodes
+16
+1 0 0 0
+2 1 0 0
+3 1 0.5 0
+4 0 0.5 0
+5 0.3333333333333333 0 0
+6 0.6666666666666666 0 0
+7 1 0.1666666666666667 0
+8 1 0.3333333333333333 0
+9 0.6666666666666667 0.5 0
+10 0.3333333333333334 0.5 0
+11 0 0.3333333333333334 0
+12 0 0.1666666666666667 0
+13 0.3333333333333334 0.1666666666666667 0
+14 0.3333333333333334 0.3333333333333333 0
+15 0.6666666666666667 0.1666666666666667 0
+16 0.6666666666666667 0.3333333333333333 0
+$EndNodes
+$Elements
+9
+1 3 2 10 1 12 13 5 1
+2 3 2 10 1 14 13 12 11
+3 3 2 10 1 10 14 11 4
+4 3 2 10 1 13 15 6 5
+5 3 2 10 1 14 16 15 13
+6 3 2 10 1 16 14 10 9
+7 3 2 10 1 6 15 7 2
+8 3 2 10 1 15 16 8 7
+9 3 2 10 1 8 16 9 3
+$EndElements
diff --git a/test/3x3_twisted.msh b/test/3x3_twisted.msh
@@ -0,0 +1,38 @@
+$MeshFormat
+2.2 0 8
+$EndMeshFormat
+$PhysicalNames
+1
+2 10 "fluid"
+$EndPhysicalNames
+$Nodes
+16
+1 0 0 0
+2 1 0 0
+3 1 0.5 0
+4 0 0.5 0
+5 0.3333333333333333 0 0
+6 0.6666666666666666 0 0
+7 1 0.1666666666666667 0
+8 1 0.3333333333333333 0
+9 0.6666666666666667 0.5 0
+10 0.3333333333333334 0.5 0
+11 0 0.3333333333333334 0
+12 0 0.1666666666666667 0
+13 0.3333333333333334 0.1666666666666667 0
+14 0.3333333333333334 0.3333333333333333 0
+15 0.6666666666666667 0.1666666666666667 0
+16 0.6666666666666667 0.3333333333333333 0
+$EndNodes
+$Elements
+9
+1 3 2 10 1 1 5 13 12
+2 3 2 10 1 11 12 13 14
+3 3 2 10 1 4 11 14 10
+4 3 2 10 1 5 6 15 13
+5 3 2 10 1 13 15 16 14
+6 3 2 10 1 9 10 14 16
+7 3 2 10 1 2 7 15 6
+8 3 2 10 1 7 8 16 15
+9 3 2 10 1 3 9 16 8
+$EndElements
diff --git a/test/test_mesh.py b/test/test_mesh.py
@@ -571,12 +571,14 @@ def test_merge_and_map(actx_factory, group_cls, visualize=False):
 
 # {{{ element orientation
 
-@pytest.mark.parametrize("case", ["blob", "gh-394"])
+@pytest.mark.parametrize("case", ["blob", "gh-394", "3x3", "3x3_twisted",
+                                  "3x3_minus", "3x3_bound"])
 def test_element_orientation_via_flipping(case):
     from meshmode.mesh.io import FileSource, generate_gmsh
 
     mesh_order = 3
 
+    meshfile = f"{thisdir}/{case}.msh"
     if case == "blob":
         mesh = generate_gmsh(
                 FileSource(str(thisdir / "blob-2d.step")), 2, order=mesh_order,
@@ -586,13 +588,73 @@ def test_element_orientation_via_flipping(case):
                 )
     elif case == "gh-394":
         mesh = mio.read_gmsh(
-                             str(thisdir / "gh-394.msh"),
+                             meshfile,
+                             force_ambient_dim=2,
+                             mesh_construction_kwargs={"skip_tests": True})
+    elif case == "3x3":  # regular ole rectangular 3x3 tensor product els (TPE)
+        mesh = mio.read_gmsh(
+                             meshfile,
+                             force_ambient_dim=2,
+                             mesh_construction_kwargs={"skip_tests": True})
+    elif case == "3x3_twisted":  # TPEs, rotated connectivities, all positive
+        mesh = mio.read_gmsh(
+                             meshfile,
+                             force_ambient_dim=2,
+                             mesh_construction_kwargs={"skip_tests": True})
+    elif case == "3x3_minus":  # TPEs with negative orientation (clockwise conn)
+        mesh = mio.read_gmsh(
+                             meshfile,
+                             force_ambient_dim=2,
+                             mesh_construction_kwargs={"skip_tests": True})
+    elif case == "3x3_bound":  # TPEs (clockwise conn, w/boundaries)
+        mesh = mio.read_gmsh(
+                             meshfile,
                              force_ambient_dim=2,
                              mesh_construction_kwargs={"skip_tests": True})
     else:
         raise ValueError(f"unknown case: {case}")
 
+    boundary_tags = set()
+    for igrp in range(len(mesh.groups)):
+        print(f"{meshfile=} Boundaries:")
+        bdry_fagrps = [
+            fagrp for fagrp in mesh.facial_adjacency_groups[igrp]
+            if isinstance(fagrp, BoundaryAdjacencyGroup)]
+        for bdry_fagrp in bdry_fagrps:
+            print(f"Boundary tag: {bdry_fagrp.boundary_tag}")
+            boundary_tags.add(bdry_fagrp.boundary_tag)
+            # print(f"----{bdry_fagrp.elements=}")
+            # if bdry_fagrp.boundary_tag == "outer_bdy":
+            #    num_marked_outer_bdy += len(bdry_fagrp.elements)
+            #if bdry_fagrp.boundary_tag == "inner_bdy":
+            #    num_marked_inner_bdy += len(bdry_fagrp.elements)
+
     mesh_orient = mproc.find_volume_mesh_element_orientations(mesh)
+    if not (mesh_orient > 0).all():
+        print(f"Mesh({meshfile}) is negative, trying to reorient.")
+        mesh = mio.read_gmsh(
+            meshfile,
+            force_ambient_dim=2,
+            mesh_construction_kwargs={
+                "skip_tests": True,
+                "force_positive_orientation": True})
+        mesh_orient = mproc.find_volume_mesh_element_orientations(mesh)
+        boundary_tags_reoriented = set()
+        for igrp in range(len(mesh.groups)):
+            print(f"{meshfile=} Reoriented Boundaries:")
+            bdry_fagrps = [
+                fagrp for fagrp in mesh.facial_adjacency_groups[igrp]
+                if isinstance(fagrp, BoundaryAdjacencyGroup)]
+            for bdry_fagrp in bdry_fagrps:
+                print(f"Boundary tag: {bdry_fagrp.boundary_tag}")
+                boundary_tags_reoriented.add(bdry_fagrp.boundary_tag)
+                # print(f"----{bdry_fagrp.elements=}")
+                # if bdry_fagrp.boundary_tag == "outer_bdy":
+                #    num_marked_outer_bdy += len(bdry_fagrp.elements)
+                #if bdry_fagrp.boundary_tag == "inner_bdy":
+                #    num_marked_inner_bdy += len(bdry_fagrp.elements)
+        # Make sure rotation doesn't lose boundaries
+        assert boundary_tags == boundary_tags_reoriented
 
     assert (mesh_orient > 0).all()