Mode d'emploi
Une version anglaise est disponible à cette page.
Shanoir Uploader permet de requêter un PACS et d'y sélectionner des examens à importer dans la base de donnée Shanoir comme nouveaux éléments d'une étude clinique.
L'interface web Shanoir permet ensuite d'administrer cette étude et d'en explorer le contenu.
La procédure d'installation est détaillée dans ce wiki.
Si votre configuration réseau permet d'accéder à l'url de l'interface web Shanoir, alors l'application vous proposera de choisir un profil :
Le choix du profil dépend de votre étude d'intérêt et de l'environnement Shanoir vers lequel vous désirez importer vos examens DICOM.
Vous pouvez choisir de sauvegarder le profil choisi dans la configuration de l'application. Le profil est alors sauvegardé dans le fichier basic.properties (crée dans un dossier .su_v8.0.0/ pour la version 8.0, dans votre répertoire personnel), vous pouvez modifier ce choix à tout moment en modifiant la valeur du paramète 'profile' dans le fichier basic.properties.
Si le serveur Shanoir est accessible et qu'un profil est renseigné, Shanoir Uploader affiche la page d'authentification.
Utilisez vos identifiants et mot de passe Shanoir. Si opus n'avez pas de compte utilisateur Shanoir, vous pouvez en faire la demande via l'interface web Shanoir pour Neurinfo ou pour OFSEP. Selon votre profil "Neurinfo" (shanoir.irisa.fr) ou "OFSEP" (shanoir-ofsep.irisa.fr) choisissez l'URL correspondante.
Requêter un PACS et importer ses données DICOM vers le serveur Shanoir est la première fonctionnalité de Shanoir Uploader et est effectué en utilisant les deux onglets principaux de l'application.
Le premier onglet vous permet de requêter le PACS en utilisant les champs suivants :
- Nom du patient
- ID du patient (= IPP)
- Date de naissance
- Description de l'étude
- Date de l'étude
- Modalité de la donnée DICOM
Le champs "Nom du patient" peut être rempli en utilisant le caractère "*" (cliquez sur le bouton "Aide" pour des informations détaillées).
Sur certains PACS (par exemple, Telemis), requêter en utilisant uniquement la date de l'étude (= de l'examen) ou sa description ne fonctionne pas, il faut utiliser le nom du patient ou sa date de naissance.
Une fois que vous avez sélectionné vos données d'intérêt vous devrez vérifier les informations du patient avant de cliquer sur le bouton "Téléchargement (PACS) ou copier (CD/DVD)".
Vous pouvez modifier tous les champs lors de cette étape, les champs "Nom de naissance" et "Date de naissance" sont obligatoires afin de pouvoir lancer l'import des données.
Une fois que vous avez cliqué sur "Téléchargement (PACS) ou copier (CD/DVD)", une fenêtre pop-up vous indiquera que l'import peut être lancé en utilisant le 2nd onglet.
Vous pouvez sélectionner et vérifier autant d'examens DICOM que vous désirez avant de passer à l'étape d'import via le 2nd onglet.
Le 2nd onglet vous permet de sélectionner de nombreuses informations afin d'importer les données DICOM au sein de l'étude Shanoir correspondante, en lui appliquant la study card correspondante, en sélectionnant un centre et un nom de patient spécifiques si désiré.
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Seuls les dossiers (non archivés) peuvent être sélectionnés depuis le menu "Ouvrir les fichiers DICOM...".
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Un “Nom de naissance” (peut être une copie du nom) ainsi qu'une date de naissance doivent être renseignés afin de pouvoir importer les données DICOM.
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Le menu d'import permet ensuite de sélectionner une étude, un patient, une "study card" et un centre déjà associés à l'étude dans Shanoir.
Vous pouvez lancer un import simultané de plusieurs données DICOM depuis un PACS en utilisant un fichier .csv correctement formaté. Cette fonctionnalité est détaillée sur cette page.
Shanoir Uploader vous permet d'importer une étude entière dans Shanoir ou une partie de cette étude. Votre dossier contenant l'étude ne doit pas être une archive et doit respecter l'arborescence BIDS (Brain Imaging Data Structure).