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_wiki/集群使用/cluster_usage.md

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 title: 计算集群使用说明
+authors: Yunpei Liu, Yongbin Zhuang
 priority: 1.01
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 # 计算集群使用说明
 
+## 集群的基本概念
+### CPU/Core(核)的概念
+`CPU` 是 Central Processing Unit 的缩写。比起全称，他的缩写更为大家所熟知。我们买电脑时都会看这个电脑拥有几个 CPU。CPU可以计算数字或者执行你的代码等等。在科学计算中，我们倾向使用核(`Core`)这个名称。本质上这知识一个别称而已。
+### Memory(内存)的概念
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+`内存`(Memory)就是储存数据的地方。跟硬盘(disk)储存的数据不同，`内存`里的数据可以直接被 `核` 读取。跟你在硬盘里储存的数据类似，只是它被`核`读取的速度更快。当执行程序时，有一些数据会先被读入`内存`，然后再执行计算。因此内存越大，被读入的数据也就越多，能够同时处理的数据也就越多，代码运行的时间会更短。
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+### Node(节点)的概念
+`节点`(Node)换个日常的说法就是你的`电脑`，比如一台台式机或者笔记本电脑。它由若干个`核`和一个`内存`组成。因此可以把`节点`简单理解成日常见到的电脑(主机)。
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+### HPC(集群/超级计算机/超算)的概念
+`HPC`就是High Performance Cluster的缩写，又称为超级计算机，高性能集群等。它由若干个`节点`组成。实际使用中，这些`节点`会有不同的角色，通常包含`登录节点`，`管理节点`和`计算节点`等。`登录节点`顾名思义就是用来登录的`节点`。用户从自己电脑可以登录到`登录节点`。`计算节点`是用来计算的节点，他们的唯一使命就是计算。`管理节点`比较特殊，用来管理`计算节点`，比如分配某某计算任务给某几个`计算节点`来算。
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+### Message Passing Interface(MPI)并行计算的概念
+`并行计算`是若干个`节点`一起执行计算的意思。从`节点`的概念可以知道，一个`节点`的`内存`和`核`肯定是有限。比如，现有一个`节点`有24个`核`和32GB的`内存`，我们想执行一个计算，用到48个`核`，自然需要用到两个`节点`。问题是另一个`节点`的24个`核`如何读取到第一个`节点`的`内存`里的数据?这一个时候就要用到`MPI`/`并行计算`了。`MPI`是信息传输界面的简称。是一种告诉`节点`怎么跨节点读取`内存`的代码。也就是说这是计算机代码的一部分，我们常用的计算软件`vasp`或`cp2k`都已经写入了，所以只要直接使用便可以。
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+## 组内集群知识
 本课题组使用 Zeus 计算集群提交计算任务进行计算模拟。Zeus 集群由两个登陆节点、一个管理节点、三个计算集群构成，每个计算集群包含多个计算节点（含一个 GPU 节点和一个大内存胖节点）。
 
 另暂时设有 Metal GPU 集群，提供 40 张 GPU 加速卡供用户提交深度学习等任务（未来将择机整合到 Zeus 集群）。