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Merge pull request #153 from Cloudac7/master
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update: memory usage and ai2-kit
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Cloudac7 authored Sep 21, 2023
2 parents c4720ad + ff48e71 commit 3b275ed
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Showing 2 changed files with 14 additions and 2 deletions.
8 changes: 8 additions & 0 deletions docs/wiki/cluster_usage/cluster_usage.md
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Expand Up @@ -186,6 +186,14 @@ mpiexec.hydra cp2k.popt input.inp >& output_$LSB_JOBID

可以看到,任务提交脚本实际上是一个具有特殊注释格式的 bash 脚本。因此在加载环境后,可以使用 bash 语法来设置环境变量、控制任务运行的路径、进行批处理等等。

!!! danger "注意"
对于 `fat``gpu*` 队列,请 **务必** 指定作业所需的内存不小于自己任务实际需要内存大小!
否则可能会因为其他人任务尚未结束而迟迟无法运行,或因为申请了过多的内存资源而使得其他任务无法提交。
为了公平使用,请一定遵守上述规则。 **管理员会根据用户反馈直接清除未遵循规范的任务。**

相应地,其他计算队列通常会一个任务独占若干节点,因而不需要设置内存,保持默认——占满即可。
考虑到 DFT 计算本身对内存有一定需求,请务必注意自己的设置符合实际情况,以免浪费宝贵的时间和机时。

### 作业提交

若用户已经准备好相应计算的输入和提交脚本,则可以对任务进行提交。例如提交脚本文件名为`cp2k.slurm`,则提交命令为:
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8 changes: 6 additions & 2 deletions docs/wiki/software_usage/DP-GEN.md
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -10,14 +10,18 @@ comments: true

Deep Potential Generator (DP-GEN) 是一个将神经网络势能(machine learning potential)和主动学习(active learing)结合起来的工作流。该包主要由张林峰(普林斯顿大学),王涵(北京应用物理与计算数学研究所)开发。如有问题,可以向他们询问。

!!! info "提示"
考虑到 DP-GEN 在集群运行可能存在一定的性能问题,推荐尝试 [ai<sup>2</sup>-kit](https://github.com/chenggroup/ai2-kit) 运行势函数训练的 Close Loop Learning (CLL) 任务。

以下为参考信息:

- [GitHub](https://github.com/deepmodeling/dpgen)
- 参考文献:[Active learning of uniformly accurate interatomic potentials for materials simulation](https://journals.aps.org/prmaterials/abstract/10.1103/PhysRevMaterials.3.023804)

!!! warning None
此页面仅限提供贡献者对于该软件的理解,如有任何问题请联系贡献者。建议在阅读此篇前先对DeePMD-kit有一定了解。
指路:[DeePMD-kit](./DP-GEN.md)
此页面仅限提供贡献者对于该软件的理解,如有任何问题请联系贡献者。建议在阅读此篇前先对DeePMD-kit有一定了解。<br>
指路:[DeePMD-kit](./DeePMD-kit.md)


DP-GEN的工作流是由以下三步组成的循环:

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