José Ramón Martínez Batlle
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R+RStudio. Imprescindible. Dispondrás de una cuenta temporalmente en mi servidor para, a través del navegador, usar estos programas y los paquetes de R requeridos. No obstante, puedes prescindir de mi servidor si instalas R+RStudio en modo “Desktop”. Si te estás preguntando ¿Por qué R?, te recomiendo leer este texto.
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Foro. Se trata de un servidor Mattermost, parecido a Slack, pero de código abierto. Envía tus preguntas por esa vía.
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GitHub. Imprescindible. Necesitarás una cuenta de GitHub (quizá ya dispones de una) y un token para crear tu manuscrito y hacerle modificaciones. Más adelante te explico.
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Vídeos tutoriales en YouTube y código fuente de ejemplo. Los vídeos tutoriales se encuentran alojados en la lista de reproducción “Ecología numérica con R”. Estos vídeos se asocian con scripts de R que usarás como fuente para tus análisis (los adaptarás), y se encuentran en el repo Scripts de análisis de BCI. No es necesario clonar dicho repo (más adelante explico en detalle), es preferible visualizarlo desde GitHub, tomar código, adaptarlo y ejecutarlo en tu repo propio de manuscrito, como verás en los vídeos tutoriales en cada caso (más detalles en clase).
Realiza el tutorial “Introducción a R”. Se trata de una breve introduccion interactiva y autoguiada en la que conocerás los principales objetos de R. Además, este tutorial te muestra trucos sobre cómo enfrentarte a la programación en R, por lo que es muy importante que lo realices y practiques.
Tal como te comenté, necesitarás una cuenta de GitHub. Para crearla, ve a github.com, botón Sign up y sigue las indicaciones correspondientes. Una vez tengas tu cuenta de GitHub, podrás crear repositorios. Tu manuscrito se alojará en un repositorio de GitHub, concretamente, en la organización creada al efecto para esta asignatura, y esta es la razón por la que necesitas una cuenta en dicho servicio. No olvides notificarme tu usuario de GitHub tan pronto lo tengas, para invitarte a la organización de la asignatura. Luego de que te envíe la invitación, te llegará un mensaje de correo con una invitación que debes aceptar para formar parte de la organización. Es importante que completes el dicho proceso, porque de lo contrario, NO podrás realizar las asignaciones.
Tu cuenta de GH, por sí sola, no te permite hacer modificaciones de tu manuscrito desde el “repo local” (que alojarás en el servidor de RStudio) al repo remoto (en GitHub). Es decir, con usuario y password no podrás empujar cambios al repo remoto (proceso que en terminología git se conoce como push), para lo cual necesitarás un token. Créalo en este momento, y resérvalo para uso posterior, siguiendo estos pasos (también tienes esta guía ilustrada).
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Inicia sesión con tu cuenta en github.com
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Ve a Settings => Developer Settings => Personal Access Token => Generate New Token (probablemente pida tu clave de GitHub)
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Rellena el formulario.
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En Note escribe un nombre para el token. Por ejemplo, “Semestre 202201”
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En Expiration elige Custom y ponle una fecha posterior al término del semestre.
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Activa los permisos del grupo repo, tal como se muestra aquí:
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Finalmente presiona Generate token. Tu token será una cadena de caracteres parecida a esta: “ghp_Gsgxfd…”
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¡IMPORTANTE! Copia el token a un archivo de texto o a un mensaje de correo; GH no te lo mostrará nuevamente.
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Asegúrate de haber iniciado en tu cuenta de GitHub. Si estás usando una PC compartida, y otro usuario tuviese una cuenta de GitHub iniciada, el manuscrito se creará con dicha cuenta. Por tal razón, asegúrate previamente de que sea tu cuenta de GH la que esté iniciada.
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También asegúrate de que eres parte de la organización de GitHub de la asignatura.
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Haz clic en la URL de la asignación (Classroom de GitHub): https://classroom.github.com/a/zUsBFrHz
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Al hacer clic sobre la URL, te preguntará si aceptas la asignación del Classroom de GitHub. Presiona el botón Accept this assignment.
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Tras presionar el botón, se creará una copia remota vacía (un “esqueleto”) del repositorio de manuscrito, a partir de una plantilla, en la organización biogeografia-202201. Puedes consultarlo visitando la organización y presionando sobre el nombre de tu repo, que será algo tal que
unidad-0-asignacion-99-mi-manuscrito-TUNOMBREDEUSUARIOENGITHUB
.
Si ya tienes tu repo remoto de manuscrito, podrás hacer una copia local en mi servidor RStudio; a este proceso se le denomina “clonar” en terminología git. En dicha copia local alojarás tus ediciones que luego sincronizarás con GitHub. Para clonar localmente tu repo, necesitarás el token que creaste en pasos anteriores, así que tenlo a mano. Pasos para crear tu copia local:
Nota 1. En el minuto 3:42 verás que GitHub solicita clave. En ese paso necesitarás el token que recién creaste.
Nota 2. Para acceder al servidor de RStudio, utiliza la URL, usuario y clave enviada a tu correo electrónico.
Nota 3. Sigue las indicaciones que facilitaré en las sesiones de clase y en el foro de la asignatura, y pide ayuda siempre que la necesites.
Reproduce el vídeo introductorio sobre BCI titulado: Un vistazo a la ciencia y los científicos que trabajan en la isla de Barro Colorado (versión en español)
Antes de comenzar a redactar tu manuscrito, repasa la siguiente lista de control:
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Tienes cuenta de GitHub y token. También verifica que formas parte de la organización de la asignatura, porque de lo contrario, no podrás realizar asignaciones.
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Creaste una copia remota del repositorio de manuscrito al aceptar la asignación del Classroom de GitHub.
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Creaste una copia local de tu repo de manuscrito en mi servidor RStudio. Para ello, verifica que dispones de credenciales acceso al servidor. Si no las tienes, escríbeme para resolverlo.
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Realizaste el tutorial-introduccion-a-r.
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Visualizaste el vídeo introductorio sobre BCI.
Si cumples con todo lo anterior, pasa al siguiente apartado. De lo contrario, vuelve atrás y completa lo que te falte.
Tienes una familia de plantas asignada; localiza la tuya en la siguiente
lista así como el archivo .Rdata
correspondiente:
Estudiante | Nombre de la familia asignada | Nombre de archivo .Rdata (carpeta biodata ) |
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Andri Jesus Binet Alvarez | Fabaceae-caesalpinioideae | Fabaceae-caesalpinioideae.Rdata |
Adalberto Martinez Ramos | Salicaceae | Salicaceae.Rdata |
Angel Luis Javier Hernandez | Arecaceae | Arecaceae.Rdata |
Catalino Valenzuela De Los Santos | Lauraceae | Lauraceae.Rdata |
Cinthia Amalia Vandepool Candelario | Malvaceae | Malvaceae.Rdata |
Cleimi Mariali Montero Garabito | Myrtaceae | Myrtaceae.Rdata |
Cristina Altagracia Torres Gomez | Urticaceae | Urticaceae.Rdata |
Cruz Oscar Montero Mercado | Myrsinaceae | Myrsinaceae.Rdata |
Edel Tejeda Nova | Burseraceae | Burseraceae.Rdata |
Elvin Ozuna | Moraceae | Moraceae.Rdata |
Ernesto Vladimir Santana Martinez | Clusiaceae | Clusiaceae.Rdata |
Gabriel Orlando Bido Feliz | Chrysobalanaceae | Chrysobalanaceae.Rdata |
Gloribel Taveras Ramirez | Sapotaceae | Sapotaceae.Rdata |
Harly Manuel Suarez Cruz | Annonaceae | Annonaceae.Rdata |
Jang Correa | Fabaceae-papilionoideae | Fabaceae-papilionoideae.Rdata |
Jorge Eduardo Diaz Romero | Apocynaceae | Apocynaceae.Rdata |
Lewis Jose Cueto Montero | Sapindaceae | Sapindaceae.Rdata |
Miguel Landestoy Tejeda | ||
Romanti Esther Aquino Payano | Rubiaceae | Rubiaceae.Rdata |
Ruseuny Peña Noboa | Fabaceae-mimosoideae | Fabaceae-mimosoideae.Rdata |
Saderis Carmona Marte | Euphorbiaceae | Euphorbiaceae.Rdata |
Yoel Agustín. Rodríguez Marte | Meliaceae | Meliaceae.Rdata |
Wilson Rosario R | ||
Yan Piero Bello De Lillo | Piperaceae | Piperaceae.Rdata |
El archivo .Rdata
de tu familia asignada contiene una matriz de
comunidad y datos censales. Necesitarás también la matriz ambiental, que
se encuentra en el archivo matriz_ambiental.Rdata
. Dicha matriz es
común para todos, puesto que contiene las variables ambientales de todo
BCI. Todos los archivos .Rdata
(matriz de comunidad+censo y matriz
ambiental), se encuentran en el servidor RStudio, dentro de tu repo de
manuscrito, en la carpeta biodata
.
En tu manuscrito, deberás responder un conjunto de preguntas de investigación que se enmarcan en cuatro áreas analíticas de la ecología numérica, con referencia a tu familia de plantas asignada de BCI. Dichas áreas se relacionan a continuación: análisis de agrupamiento, análisis diversidad, análisis de ordenación y ecología espacial. Dos cuestiones relevantes a tener son:
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Las preguntas de investigación no se copian/pegan de este repo (ni de ningún otro sitio).
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Tus preguntas las deberás incluir de manera fluida en la sección “Introducción” de tu manuscrito.
Si no te resultare cómodo trabajar tu manuscrito usando preguntas de investigación, puedes hacerlo por objetivo, que es una forma más tradicional. No obstante, pienso que te resultará más cómodo investigar por preguntas que por objetivos. Más adelante, en los tips de redacción, te doy más detalles, pero por lo pronto, lee estas preguntas guía de las áreas analíticas:
- Análisis de agrupamiento (cluster analysis, aa):
- Los cuadros (o quadrats) de 1 hectárea, ¿se organizan en grupos discontinuos según la composición de las especies de mi familia seleccionada?
- Si existe algún patrón, ¿es consistente con alguna variable ambiental/atributo?
- ¿Hay especies indicadoras o con preferencia por determinadas condiciones ambientales/atributos?
- Técnicas de ordenación (ordination analysis, to):
- En un espacio bidimensional, ¿existen tendencias apreciables de ordenación de las especies de mi familia seleccionada?
- Si existen tendencias de ordenación, ¿se asocian éstas con variables ambientales/atributos?
- Diversidad (di):
- Según los análisis de estimación de riqueza, ¿está suficientemente representada mi familia? Consideremos como buena representación un 85%
- ¿Existe asociación de la diversidad alpha con variables ambientales/atributos? ¿Con cuáles?
- ¿Existe contribución local o por alguna especie a la diversidad beta?
- Ecología espacial (ee):
- ¿Alguna(s) especies de mi familia presenta(n) patrón aglomerado? ¿Cuál(es)? ¿Se asocia con alguna variable?
- ¿Predicen bien la ocurrencia de dicha(s) especie(s) los modelos de distribución de especies (SDM)?
Adicionalmente, usarás un conjunto de técnicas denominadas “análisis exploratorio de datos” (aed) y “medición de asociación (ma)” que son prescriptivas para realizar el manuscrito, y que verás en la lista de reproducción de vídeos-tutoriales y en las clases prácticas. Dichas técnicas no responden preguntas, más bien te ayudan a limpiar los datos y a encontrar patrones preliminares que luego podrás aplicar a los cuatro análisis temáticos.
Usarás una lista de vídeos tutoriales donde muestro cómo realizar los análisis que usarás como insumos para tu manuscrito. Los vídeos se apoyan fundamentalmente en scripts de R alojados en un repositorio de GitHub.
Los scripts de R que usarás como fuente, se encuentran en el repo Scripts de análisis de BCI. Este dispone de un DOI que puedes usar para referirlo:
Igualmente, también para fines de referencia, dispones de una entrada BibTeX del repo aquí
Aviso. No es necesario clonar el repo de scripts. Es preferible visualizarlo desde GitHub, como verás en los vídeos tutoriales.
¿Por qué usarás datos de la parcela permanente de BCI? Para obtener resultados empíricos consistentes, se necesitan datos de comunidad y ambientales de calidad. El conjunto de datos de BCI es idóneo en este sentido, puesto que dispone de múltiples variables ambientales e información de la comunidad basada en repetidos censos desde la década de los 80 del siglo XX (Condit, 1998; Hubbel et al., 1999; Hubbel et al., 2005). Los datos están bien documentados y contienen todas las variables necesarias para cualquier análisis de ecología numérica.
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Sobre BCI
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Sobre Herramientas Rmarkdown, GitHub
- Vídeo 2. Cómo hacer commit>push de cambios a un repo remoto
desde un repo local en el servidor RStudio (DESDE el minuto
5:10). En párrafos
anteriores te pedí que practicaras éste vídeo para clonar tu
repo localmente en el servidor RStudio. Ahora te pido que
continúes desde el minuto 5:10, para que hagas commit>push,
que es el proceso mediante el cual, tus cambios locales (en el
servidor RStudio) se “sincronizan” con los del repo remoto (en
GitHub). En el vídeo muestro cómo subir unos cambios sencillos
(e hipotéticos) realizados al archivo
manuscrito.Rmd
.
El archivo
manuscrito.Rmd
es el que contendrá toda tu redacción, y desde allí podrás generar tu salida en formato PDF.Los comandos a ejecutar, mencionados en el vídeo, son los siguientes (cambia por tu correo electrónico registrado en GitHub y tu usuario de GitHub):
git config --global user.email "[email protected]" git config --global user.name "Your Name"
En el minuto 11:54 verás que GitHub pide clave. En tu caso, deberás colocar el token que generaste en pasos anteriores.
- Vídeo 2. Cómo hacer commit>push de cambios a un repo remoto
desde un repo local en el servidor RStudio (DESDE el minuto
5:10). En párrafos
anteriores te pedí que practicaras éste vídeo para clonar tu
repo localmente en el servidor RStudio. Ahora te pido que
continúes desde el minuto 5:10, para que hagas commit>push,
que es el proceso mediante el cual, tus cambios locales (en el
servidor RStudio) se “sincronizan” con los del repo remoto (en
GitHub). En el vídeo muestro cómo subir unos cambios sencillos
(e hipotéticos) realizados al archivo
En todos los vídeos tutoriales a continuación, verás que me refiero a scripts que disponen de dos versiones cada uno: una versión Markdown (archivo
.md
) y una versión R (archivo.R
). Utiliza el archivo.R
para copiar código, pegarlo en R y reproducir los análisis. Utiliza el archivo.md
para ver el resultado “tejido” que obtendrías al ejecutar cada script.
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Análisis exploratorio de datos (aed)
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Medición de asociación (ma)
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Análisis de agrupamiento (cluster analysis, aa)
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Análisis de diversidad alpha y beta (di)
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Análisis de ordenación simple (no restringida) y canónica (restringida) (to)
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Ecología espacial (ee)
La lista de artículos sobre BCI es enorme, pero te incluyo varios relevantes (amplía tus horizontes, no te quedes con esta corta lista):
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Citas obligatorias y, por lo tanto, tienes que leerlas diagonalmente (hay un libro entre ellas, que lógicamente no tienes que leer íntegramente, pero debes saber de qué va):
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Hubbell, S.P., Condit, R., and Foster, R.B. 2005. Barro Colorado Forest Census Plot Data. URL http://ctfs.si.edu/webatlas/datasets/bci. Esta es la página de entrada al censo de BCI 50-ha plot, por lo que es imprescindible citarla.
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Sobre ecología/biogeografía y, específicamente, ecología de plantas (referencias útiles para la introducción y la discusión)
Esta también es una selección mínima; sé libre, complementa.
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Van der Valk, A. G. (2009). Forest Ecology. Recent Advances in Plant Ecology, 358.
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Grandtner, M. M., & Chevrette, J. (2013). Dictionary of trees, volume 2: South America: Nomenclature, taxonomy and ecology. Academic Press. Este diccionario podría ser útil para encontrar géneros específicos de plantas y posibles patrones de preferencia con variables ambientales.
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Dos notas sobre referencias para la introducción:
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Tu familia de plantas y las variables ambientales que resulten finalmente asociadas, son aspectos que aplican específicamente a tu caso. Por lo tanto, tu bibliografía contendrá referencias que no se encuentran citadas en este mensaje.
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Hipotéticamente, iniciaste este estudio “luego de haber explorado patrones y haber descubierto, de manera preliminar, que había algún grado de asociación entre la comunidad y su medio”. Ya sabemos que no fue así, puesto que se trata de un requisito a cumplir en la asignatura, pero normalmente los estudios parten de un problema o de pregunta de investigación.
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Borcard, D., Gillet, F., & Legendre, P. (2018). Numerical ecology with R. Springer.
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Krebs, C. J. (1989). Ecological methodology (No. QH541. 15. S72. K74 1999.). New York: Harper & Row.
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Magurran, A. E. (2013). Measuring biological diversity. John Wiley & Sons.
No se puede olvidar R. Dejo aquí la entrada bibtex sobre dicho recurso, la cual debes colocar en el archivo .bib. Esta entrada no es un material a consultar (los que están más adelante sí), es sólo una referencia modelo para citar a R:
@Manual{,
title = {R: A Language and Environment for Statistical Computing},
author = {{R Core Team}},
organization = {R Foundation for Statistical Computing},
address = {Vienna, Austria},
year = {2020},
url = {https://www.R-project.org/},
}
No olvides los paquetes que más usarás (aprovecha las referencias para leer sobre ellos):
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La entrada bibtex de
vegan
es ésta:
@Manual{,
title = {vegan: Community Ecology Package},
author = {Jari Oksanen and F. Guillaume Blanchet and Michael Friendly and Roeland Kindt and Pierre Legendre and Dan McGlinn and Peter R. Minchin and R. B. O'Hara and Gavin L. Simpson and Peter Solymos and M. Henry H. Stevens and Eduard Szoecs and Helene Wagner},
year = {2019},
note = {R package version 2.5-6},
url = {https://CRAN.R-project.org/package=vegan},
}
- El paquete
BiodiversityR
también lo usarás. Entada bibtex:
@Book{,
title = {Tree diversity analysis. A manual and software for common statistical methods for ecological and biodiversity studies},
author = {R. Kindt and R. Coe},
publisher = {World Agroforestry Centre (ICRAF)},
address = {Nairobi (Kenya)},
year = {2005},
note = {ISBN 92-9059-179-X},
url = {http://www.worldagroforestry.org/output/tree-diversity-analysis},
}
- La colección
tidyverse
, no puedes olvidarla. Dejo la entrada bibtex abajo:
@Manual{,
title = {tidyverse: Easily Install and Load the 'Tidyverse'},
author = {Hadley Wickham},
year = {2017},
note = {R package version 1.2.1},
url = {https://CRAN.R-project.org/package=tidyverse},
}
- Paquete
indicspecies
@Manual{,
title = {Associations between species and groups of sites: indices and statistical inference},
author = {Miquel {De Caceres} and Pierre Legendre},
journal = {Ecology},
year = {2009},
url = {http://sites.google.com/site/miqueldecaceres/},
}
@software{jose_ramon_martinez_batlle_2020_4402362,
author = {José Ramón Martínez Batlle},
title = {{biogeografia-master/scripts-de-analisis-BCI: Long
coding sessions}},
month = dec,
year = 2020,
publisher = {Zenodo},
version = {v0.0.0.9000},
doi = {10.5281/zenodo.4402362},
url = {https://doi.org/10.5281/zenodo.4402362}
}
Ítem | ¿Qué entregas? | 15/feb/2022 | 22/feb/2022 | 8/mar/2022 | 22/mar/2022 | 5/abr/2022 | 19/abr/2022 | 3/may/2022 | 3/may/2022-17/may/2022 | 24/may/2022 |
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Manuscrito | Secciones de tu manuscrito, incorporando análisis realizados con lo que aprendas en los tutoriales y en sesiones de seguimiento | Editado encabezado YAML, excepto abstract. Iniciada la introducción | Sección Introducción completada | Sección Metodología completada | Avances sobre sección Resultados | Sección Resultados completada | Discusión y resumen completados. Manuscrito finalizado. | Recibes mi retroalimentación sobre tu texto | Atendido cada punto señalado por mí. Presentación de diapositivas. | |
Tutoriales visualizados y adaptados | 1) Pruebas de que comprendes los tutoriales y/o 2) Scripts de R (archivos .R) aplicados a tu familia; 3) Tu manuscrito refleja lo aprendido en dichos tutoriales | tutorial1 | Vídeos 1 y 2, 3, 4 y 5 | Vídeos 6, 7, 8 y 9 | Vídeos 10, 11, 12, 13, 14, 15 y 16 | Vídeos 17 y 18 | Vídeos 19, 20 y 21 |
Por experiencia, sé que de nada valdría impartir un curso sobre cómo escribir un manuscrito. A escribir se aprende escribiendo (redunda sí, pero es así). Por ello, en este mensaje verás cuestiones básicas, pero también aportaré referencias complementarias con las que podrás profundizar.
En tu manuscrito, deberás responder las preguntas de investigación sobre ecología numérica. No se trata de un examen en el que rellenas “preguntas de desarrollo”; se trata de escribir un manuscrito con todas las secciones que tiene el “esqueleto” facilitado por mí (e.g. Resumen, Introducción, Metodología, Resultados, Discusión, etc.), siguiendo las normas del Anuario de Investigaciones Científicas de la UASD. Cuentas con la plantilla del manuscrito—y que se encuentra en tu repo de manuscrito—que satisface bastante bien los requisitos del Anuario, así que al menos en cuanto a la forma no tendrás que preocuparte mucho.
Como norma general, nunca copies y pegues texto, puesto que es plagio y lo penalizo con la reprobación de la asignatura. Si necesitas citar a un/a autor/a, usa tus propias palabras, pero nunca transcribas texto hacia tu manuscrito (hay contadas excepciones a esta regla, pero ninguna aplica en tu caso).
Recuerda que, para cada pregunta de investigación, te servirá redactar una hipótesis de partida. Considera una hipótesis como una posible respuesta a cada pregunta. No te esfuerces en formular “la hipótesis correcta”; formula una posible respuesta a cada pregunta de acuerdo a lo que entiendas lógico.
Sobre el contenido que normalmente se desarrolla en las secciones un manuscrito común, te doy un vistazo general. La introducción responde a ¿Por qué haces el estudio en cuestión? ¿Por qué es importante o por qué elegiste un método específico? ¿qué vacío rellena el estudio? Por otra parte, la metodología describe el cómo, ofreciendo tantos detalles como te sea posible, sin desarrollar métodos que han creado otros y que ya están debidamente explicados en sus respectivas fuentes; redactas y resumes con tus palabras, remitiendo a las referencias convenientemente. En los resultados expones el qué, el lugar donde muestras lo que encontraste luego de colectar y analizar, con tus métodos, los datos fuente. Finalmente, en la discusión respondes a la pregunta ¿Y ahora qué?; es decir, aclaras si respondiste tus preguntas, qué vacío llenaste y qué nuevas preguntas de investigación (o, más amplio, problemas) surgieron a partir de tu trabajo. Explico más detalles sobre qué contienen las secciones de un manuscrito en los apartados siguientes.
La introducción equivale a ¿Por qué? No sueles justificar una acción, un deseo o un estudio con una simple oración. Das contexto y, cuando ya has planteado la imagen global del tema en cuestión (e.g. avances realizados hasta ahora, vacíos existentes), entonces haces el planteamiento del problema. Normalmente, un problema por resolver es algo muy global (piensa en él como el tradicional objetivo general), por lo que te enfocas en preguntas de investigación específicas (piensa en éstas como los tradicionales objetivos específicos).
Por el mismo razonamiento anterior, normalmente verás que en tutoriales sobre redacción, se recomienda que el último párrafo de la introducción formules tus preguntas de investigación o tus objetivos; si te es posible, también formula hipótesis para cada pregunta. Considera una hipótesis como una posible respuesta a cada pregunta, pero no te esfuerces en formular “la hipótesis correcta”; formula una posible respuesta a cada pregunta de acuerdo a lo que entiendas lógico.
Finalmente, algunas referencias. Esto es lo mejor que conozco sobre pautas para elaborar una introducción en español. Sin embargo, las pautas que más me gustan están en inglés. Puedes usar el traductor DeepL, porque produce frases más naturales.
En la discusión, el tiempo presente es el más usado, pero hay excepciones. Si se interpretan resultados, que es lo que más espacio ocupa en una discusión, se usa tiempo presente. Sin embargo, cuando se resumen los hallazgos (esto también se hace de manera muy suscinta en la discusión), se usa el tiempo pasado, aunque el presente es igualmente válido. Si se describen nuevas ideas de investigación o problemas que quedan pendientes de resolver, normalmente se usa el tiempo futuro.
La discusión normalmente responde a la pregunta “Con todo esto que hice, ¿ahora qué?”. Existe una tradición de dividir la discusión en las siguientes partes (normalmente, cada una es un párrafo, pero varía): entrada (hallazgos y su relación con trabajos previos), interpretación/implicaciones (¿por qué?), futuro (el cual a veces se subdivide en muchas pequeñas partes) y limitaciones.
- Entrada
Debe incorporar resumen de ámbito general, es decir, un extracto sobre la novedad para el conjunto de las ciencias el/los hallazgos realizado/s, así como contrastes o continuación/extensión de hallazgos previos, ya sean éstos realizados por ti o por otros autores (citas requeridas). En otras palabras, debes expresar, de manera global, qué parte de las preguntas planteadas respondiste en tu estudio. No se trata de escribir “respondí a las preguntas”, sino más bien de señalar los hallazgos de manera suscinta.
En el contexto de un trabajo sobre ecología numérica como el que estás realizando, donde (con suerte) tienes preguntas formuladas y probablemente hipótesis, esta entrada debe reseñar (sin entrar en el detalle) qué cosas respondiste y/o si se confirmaron o no tus hipótesis.
Un ejemplo: asume que no tienes hipótesis, sólo tienes preguntas, este párrafo suele comenzar tal que esto:
“Las especies A y B (Fabaceae-Papilionoideae) presentaron asociación con las variables edáficas H e I…. Este resultado amplia conocimiento previo … sobre … (cita)”
Otra alternativa:
“Los resultados mostraron que las especies A y B (Fabaceae-Papilionoideae) presentan asociación con variables edáficas…”.
(no olvides que esta parte también se puede escribir en tiempo presente, pero habitualmente se usa el pasado)
Ahora asume que tienes hipótesis, entonces, la entrada suele comenzar con:
“Se confirma / No se confirma …”
- Interpretación/implicaciones
Aquí escribes cómo explicas lo encontrado y, si cabe, qué implicaciones tiene. Resumirás “por qué” ocurre lo que ocurre. Debes describir cómo, según tú y en tono sugerente, explicarías el resultado obtenido. Para esta tarea, necesitarás referencias adicionales, o quizá algunas de las que hayas incluido en la introducción. Igualmente, dado que entrarás en el campo de la libre interpretación, puedes incluir las implicaciones (en términos de importancia) que tienen los hallazgos sobre el conjunto de la ciencia.
Ejemplo:
“El hallazgo de esta asociación sugiere que las especies A y B están asociadas a procesos geoquímicos tales como … . Esto implica que, en determinadas condiciones de micro-hábitat, …”
(se redacta en presente y quizá alguna parte en futuro)
- Futuro
Cualquier hallazgo abre nuevas vías de estudio, ya sea porque se necesite confirmación adicional, o porque oriente nuevas líneas de investigación. Los elementos de “futuro” que suelen incluirse son: cómo el hallazgo podría promover nueva investigación a futuro y la importancia del hallazgo para resolver problemas viejos.
(lógicamente, se redacta en futuro)
- Limitaciones
Sólo si cabe, incluir un párrafo (o los que correspondan) sobre las posibles limitaciones del hallazgo, es decir, cuál es su alcance real aterrizando las expectativas. Igualmente, se puede añadir qué limitaciones existen actualmente para continuar profundizando en esta línea de investigación.