https://support.bioconductor.org/p/130608/#130634 https://support.bioconductor.org/p/p133454/#p133926 https://support.bioconductor.org/p/p133748/#p133793
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wikipathway paper: https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkaa1024/5992285
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https://learn.gencore.bio.nyu.edu/rna-seq-analysis/over-representation-analysis/
- why clusterProfiler fails
- DAVID分析结果转为enrichResult
- DAVID functional analysis with clusterProfiler
- enrichDAVID支持自定义背景
- SCIENCE文章用了DAVID被吐槽
- Comparison of clusterProfiler and GSEA-P
- 听说你有RNAseq数据却不知道怎么跑GSEA
- leading edge analysis
- 单篇引用超过500了，来了解一下
- use clusterProfiler as an universal enrichment analysis tool
- 功能注释后如何做富集分
- msigdf + clusterProfiler全方位支持MSigDb
- 做学术终究是看脸...
- 软件虽然好用，但没发在高影响因子的期刊上，给你们丢脸了！
- 你那一串差异基因，到底是在哪个组织、哪种细胞中富集？
- 听说富集分析有个概念叫Fold Enrichment
- 拟南芥富集分析
- clusterProfiler事后丸: 转换ID为SYMBO
- 富集分析事后丸：过滤数据
- 用dplyr动词操作富集分析结果
- clusterProfiler优化: 以更快的速度进行GO分析和GMT文件解析
- 使用clusterProfiler对非模式植物进行注释
- buildGOmap
- 非模式基因GO富集分析：以玉米为例+使用OrgDb
- enrichGO出不来结果？没结果也是正确的结果
- GO analysis using clusterProfiler
- use simplify to remove redundancy of enriched GO terms
- GO富集分析中的间接注释
- 靠树树会倒，不要太相信你的注释文件！
- ko数据库ID转换
- 听说你的KEGG分析有大量的基因没注释
- 水稻如何做KEGG富集分析
- 使用新姿势玩KEGG，是种什么体验...
- 利用KEGG数据库进行ID转换
- KEGG Module Enrichment Analysis
- 如何利用clusterProfiler获取最新的KEGG和基因对应关系
- KEGG数据本地化，再也不用担心网络问题了
- 多物种批量下载KEGG数据并做成KEGG.db包
- 搞大你的点，让我们画真正的气泡图
- 听说你也在画dotplot，但是我不服！
- dotplot展示富集分析结果
- dotplot for GSEA
- enrichment map
- joyplot：GSEA的结果也能快乐起来
- gseaplot自定义颜色
- DOSE包引用过百
- 还想用clusterProfiler以前的那些画图函数，怎么办？