-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 6
/
fastq_ornek.py
75 lines (55 loc) · 1.5 KB
/
fastq_ornek.py
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
"""
1 - Class oluştur dosyayı parametre olarak ver
2 - Class a bir fonksiyon oluştur onda da bir parametre olsun ve verdiğimiz parametre
ile dosyamız içerisindeki okuma bloklarında arama yapsın
3 - 2. bir fonksiyonumuz olsun bulunan okuma sayısını versin
4 - 3. bir fonksiyonumuz olsun bulunan satırları versin
"""
# class ParseFASTQ():
# file_data = []
# filtered_data = []
# filter_keyword = None
# def __init__(self, file_name):
#
# with open(file_name) as file_data:
# self.file_data = file_data.read().split("+\n")
#
# def filter(self, data):
# if data.find(self.filter_keyword) > -1:
# return True
# else:
# return False
#
# def find(self, keyword):
# self.filter_keyword = keyword
# self.filtered_data = list(filter(self.filter, self.file_data))
#
# def count(self):
# return len(self.filtered_data)
#
# def result(self):
# return self.filtered_data
#
# parsed_file = ParseFASTQ("Brca1Reads_7.2.fastq")
# parsed_file.find("GGG")
# print(parsed_file.count())
#
# def filtrele(data):
# if data.find("#") > -1:
# return True
# return False
#
#
# with open("Brca1Reads_7.2.fastq") as file:
# data = file.read().split("+\n")
# hepsi = list(filter(filtrele, data))
# for i in hepsi:
# print(i)
# def fonk(param1, param2):
# return param1 + param2
#
#
# print(fonk(2, 4))
# fonk = lambda param1, param2 : param1 + param2
#
# print(fonk(2,4))