O código está sendo editado no master, criado localmente e enviado ao branch gh-pages.
Para a instalação do Jekyll e outras dependências do Github pages, veja a documentação.
Para editar, use o branch master:
git checkout master
Para fazer o build para uma pasta local, use:
mkdir /tmp/kit-dados-abertos
jekyll build --destination /tmp/kit-dados-abertos
Para enviar ao branch gh-pages, use:
git checkout gh-pages
cp -R /tmp/kit-dados-abertos/* .
Para atualizar as mudanças no repositório local e enviar ao repositório remoto (deploy):
git add .
git commit -m "[descrição das alterações]"
git push
Para fazer o deploy local do jekyll, que é útil para visualizar localmente as akterações, usar o parametro baseURL. Esse parãmetro é importante para manter a integridade de links:
bundle exec jekyll serve --baseurl "/"