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Command line: [exonerate --model protein2genome sample-proteins.fa coffeechrom.fna]
Hostname: [drozdovapb-Z930]
C4 Alignment:
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Query: p01
Target: chr10
Model: protein2genome:local
Raw score: 187
Query range: 232 -> 393
Target range: 1875281 -> 1875755
233 : MetValHisArgSerPhePhePheGlyProThrGluValSerAlaLeuArgLysSe : 251
:!:|||! ! !|||.!. !|||..!|||:!!|||:!! ! !||||||!:!..
LeuValProAlaSerIleThrPheAsnProSerGluIleLeuAsnLeuArgArgGl
1875282 : CTTGTTCCCGCATCCATAACTTTTAACCCCTCCGAAATTCTTAACCTCAGGAGGCA : 1875336
252 : rIleProLeuAspIleSerArgLysCysSerThrPheGluValLeuThrAlaCysL : 270
! ! ! !|||! !||||||!!!.!!||||||||||||.!!:!! !
nCysMet------ProSerLeuLysCysThrAlaPheGluValLeuAlaSerHisT
1875337 : ATGCATG------CCCTCGCTAAAATGCACCGCCTTTGAGGTCTTGGCATCCCACA : 1875387
271 : euTrpArgCysArgThrIleAlaLeuGlnProGluProAsnGluGluValArgVal : 288
!||||||||| !!..!! !|||||| ! ! !!:::.!.:!!|||!:!:!!
hrTrpArgCysTrpValLysAlaLeuGlyLeuProSerSerAsnLysValLysLeu
1875388 : CGTGGCGATGTTGGGTTAAAGCGCTCGGCTTGCCATCCTCAAATAAAGTGAAGCTT : 1875441
289 : IleCysValValAsnAlaArgSerLysPheAspProProLeuProGlnGlyTyrTy : 307
:!!! ! !|||||| !|||!.!! !!!.:!! ! !:!!|||||||||!:!||
LeuPheSerValAsnIleArgLysThrLeuAsnTyrGluIleProGlnGlyPheTy
1875442 : CTTTTTTCGGTGAATATCAGAAAAACATTAAACTACGAAATCCCGCAGGGCTTTTA : 1875498
308 : rGlyAsnGlyPheAlaPheProValAlaLeuThrThrAlaGlyGluLeuCysLysA : 326
|||||||!.!|||!.!.!. ! !||| !.!!|||||| !|||||| !
rGlyAsnAlaPheValLeuGlyCysAlaGluAlaThrAlaGlnGluLeuValAspA
1875499 : TGGGAATGCATTCGTGCTAGGATGCGCCGAGGCCACGGCCCAGGAATTGGTGGACG : 1875555
327 : rgProLeuGlyTyrAlaLeuGluLeuValThrLysAlaLysGlyAspValThrGlu : 344
! !||| ! !!.!:!!:!!|||||| ! ! ||||||..! !:!!|||! !
spAsnLeuHisGlyGlyValLysLeuValGlnHisAlaLysSerIleLeuThrGly
1875556 : ACAACCTGCATGGTGGGGTGAAATTGGTGCAACATGCAAAATCGATTTTAACCGGG : 1875609
345 : AspTyrMetLysSerValAlaAspLeuMetValIleLysGlyArgProHisPheTh : 363
!!:|||:!!||||||:!! !|||! !:!!! ! !||| ! ! ! !
GluTyrValLysSerMetIleAspHisLeuGluAspLysThrLeuLysThrAspLe
1875610 : GAATATGTGAAGTCTATGATCGATCATTTGGAGGACAAGACGTTGAAGACGGACCT : 1875666
364 : rAlaValArgThrTyrValValSerAspValThrArgIleGlyPheAsnGluValA : 382
!:!! ! !:!! |||:!!|||.!. !:!!!:!:!!|||!!..!.!!::!!|
uSerCys---SerLeuValIleSerGlnTrpSerLysLeuGlyLeuGluAspLeuA
1875667 : TTCTTGC---AGCTTGGTAATTTCCCAGTGGTCAAAATTAGGATTAGAGGACTTGG : 1875720
383 : spPheGlyTrpGlyArgProGluTyrGlyGlyPro : 393
|||||||| |||! ! !! ! ! !||||||
spPheGlyGluGlyMetAlaLeuGlnMetGlyPro
1875721 : ATTTTGGGGAAGGAATGGCTTTGCAAATGGGCCCT : 1875755
vulgar: p01 232 393 . chr10 1875281 1875755 + 187 M 21 63 G 2 0 M 110 330 G 1 0 M 27 81
C4 Alignment:
------------
Query: p03
Target: chr1
Model: protein2genome:local
Raw score: 1337
Query range: 9 -> 444
Target range: 29625727 -> 29628169
10 : AlaArgAlaAsnHisAlaIleSerLeuValIleMetLeuGlnTyrIleProArg : 27
.!!!:!.!!!!.:!!!.!:!!!!!!!!:!!:!!!!:!!!||||||:!!||||||
ThrLysThrLysAsnValLeuArgPheIleLeuIlePheGlnTyrLeuProArg
29625728 : ACAAAGACCAAGAATGTCCTCAGATTCATTCTTATTTTTCAGTACCTCCCAAGA : 29625779
28 : LeuPheValIlePheProLeuAsnTrpLysIleIleLysAsnThrGlyValVal : 45
||||||:!!||||||||||||::: :!!|||:!!||| !||||||||||||
LeuPheLeuIlePheProLeuSerThrGlnIleValLysAlaThrGlyValVal
29625780 : CTATTTCTCATATTTCCGTTGTCAACACAAATTGTTAAGGCTACTGGGGTTGTC : 29625833
46 : AlaLysThrAlaTrpSerGlyAlaAlaTyrAsnLeuIleLeuPheMetLeuAla : 63
.!!:!!|||||||||:!!||||||||||||||||||!!:|||!:!|||||||||
ThrGluThrAlaTrpAlaGlyAlaAlaTyrAsnLeuMetLeuTyrMetLeuAla
29625834 : ACTGAGACAGCTTGGGCAGGAGCGGCTTATAATTTGATGCTCTACATGTTAGCA : 29625887
64 : SerHis >>>> Target Intron 1 >>>> ValLeuGlyAlaSerTrpT : 72
|||||| 357 bp ||||||||||||!!!||||
SerHis++ ++ValLeuGlyAlaCysTrpT
29625888 : AGCCATgt.........................agGTTTTGGGAGCTTGCTGGT : 29626271
73 : yrLeuMetSerPheGluArgHisLeuThrCysTrpArgMetIleCysGluLysG : 90
|||||:!!||| !!||||||!!. !:!!||||||! !! ! !|||... ! |
yrLeuLeuSerValGluArgGlnGluSerCysTrpIleAsnThrCysSerHisG
29626272 : ACCTTCTGTCTGTTGAGAGACAAGAATCATGTTGGATTAATACCTGTAGTCACG : 29626325
91 : luLysThrArgHisHisCysAspThrLeuPheLeuAspCysLeuLysSerGlyA : 108
|| !.!||| |||.!. ! !!:!||||||||| ! ! !..!!
lu------AsnHisIleCysGlnAspGluTyrLeuAspCysArgTrpLeuAsnG
29626326 : AG------AACCATATATGCCAAGATGAGTATTTAGATTGCAGGTGGCTTAATG : 29626373
109 : sp<->GluLysAspAlaTrpLysLysSerThrLysAlaPheThrThrCysThrP : 125
!: ...!:! !|||||| :!!|||!:!!!. ! ||| !||| !|
luProArgArgThrAlaTrpPheGlnSerSerAsnIleThrThrGlnCysAspP
29626374 : AACCTCGTAGAACTGCCTGGTTCCAATCAAGCAACATCACAACCCAATGTGATC : 29626427
126 : roAspLys<-><->PheGluPheGlyLeuPheAlaGluAlaTyrGluAspGlnI : 141
||:!!!.. !:! !||||||:!!!:!!.!!!:||| !! !.!.:
roAsnSerSerAlaTyrProPheGlyIleTyrGlyAspAlaValThrValAspV
29626428 : CGAACAGCAGTGCTTATCCATTTGGTATATATGGAGATGCAGTAACGGTTGATG : 29626481
142 : leThrSerValAsnIleAlaGluArgTyrPheTyrCysLeuTrpTrpGlyLeuA : 159
!!||||||!.!!!..!! !.!.!:!|||||||||||||||||||||||||||!
alThrSerAlaLysPhePheHisLysTyrPheTyrCysLeuTrpTrpGlyLeuL
29626482 : TTACATCTGCAAAGTTCTTCCATAAGTACTTCTACTGCCTTTGGTGGGGCTTGA : 29626535
160 : rgAsnLeu{Se} >>>> Target Intron 2 >>>> {r}SerTyrGlyG : 166
:!||||||{||} 126 bp {|}||| ||||
ysAsnLeu{Se}++ ++{r}SerLeuGlyG
29626536 : AGAACCTA{AG}gt.........................ag{T}TCGCTAGGGC : 29626682
167 : lnAsnLeuAlaAlaSerThrGlnValValGluThrLeuPheSerCysLeuIleC : 184
||||||||:!!.!!|||||| ! |||! !|||! !||||||:!! !:!!:!!.
lnAsnLeuSerThrSerThrTyrValGlyGluIleLeuPheAlaIleValValA
29626683 : AAAATCTTTCTACAAGCACATATGTTGGAGAAATACTTTTTGCAATTGTTGTCG : 29626736
185 : ysLeuValGlyLeuSerPhePheGlyPheLeuIleGlyAsnMetGln >>>> : 200
.. !:!!|||||| !.!!|||!.!!!.||||||||||||||||||
laThrLeuGlyLeuValLeuPheAlaLeuLeuIleGlyAsnMetGln++
29626737 : CAACACTTGGCCTAGTCCTCTTTGCCTTGCTTATTGGCAACATGCAAgt..... : 29626786
201 : Target Intron 3 >>>> ThrTyrLeuGluSerThrThrAlaArgLeuGl : 210
322 bp |||||||||:!!|||||||||!.!||||||||
++ThrTyrLeuGlnSerThrThrValArgLeuGl
29626787 : ....................agACATACCTCCAATCAACAACAGTAAGATTAGA : 29627136
211 : uGluTrpArgValLysArgArgAspThrGluGluTrpMetArgHisArgGlnLe : 228
||||||||||:!!!:!|||! !|||||||||:!!||||||!.!|||||||||||
uGluTrpArgIleArgArgThrAspThrGluGlnTrpMetHisHisArgGlnLe
29627137 : GGAATGGAGGATCAGGAGGACTGATACAGAGCAATGGATGCATCACAGGCAGCT : 29627190
229 : uProProAspLeuGlnAspArgValArgArgPheValGlnTyrLysTrpLeuAl : 246
||||! !!!:|||::!.!. !||||||!:!!:!! !||||||||||||:!!||
uProGlnGluLeuArgGlnSerValArgLysTyrAspGlnTyrLysTrpValAl
29627191 : ACCTCAAGAGTTGAGGCAGTCCGTCAGGAAGTATGATCAATATAAATGGGTAGC : 29627244
247 : aThrArgGlyValAspGluGluGluIleLeuGlnAlaLeuProLeuAspIleAr : 264
||||||||||||||||||||||! :!!|||:!!!.!||||||||||||:!!||
aThrArgGlyValAspGluGluAlaLeuLeuGluGlyLeuProLeuAspLeuAr
29627245 : TACAAGGGGAGTTGATGAGGAGGCTCTTCTTGAAGGACTTCCTCTGGACCTTCG : 29627298
265 : gArgGluIleGlnArgHisLeuCysLeuAsnLeuValArgArg >>>> Targ : 279
||||!!:|||:!!||||||||||||! !:!!||||||||||||
gArgAspIleLysArgHisLeuCysTyrAspLeuValArgArg++
29627299 : AAGAGATATTAAACGCCACCTTTGTTATGATCTAGTTCGACGAgt......... : 29627345
280 : et Intron 4 >>>> ValProPhePheSerGlnMetAspAspGlnLeuLeu : 290
329 bp ||||||!!.|||..!|||||||||!!:::!:!!|||
++ValProLeuPheAspGlnMetAspGluArgMetLeu
29627346 : ................agGTGCCGTTATTTGATCAAATGGATGAAAGAATGTTA : 29627705
291 : AspAlaIleCysGluArgLeuValSerSerLeuAsnThrLysAspThrTyrIle : 308
||||||||||||||||||||| ! !!:!!||| !|||:!!! |||! !:!:
AspAlaIleCysGluArgLeuLysProAlaLeuCysThrGlnGlyThrCysLeu
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309 : ValArgGluGlyAspProValAlaGluMetLeuPheIleIleArgGlyGluLeu : 326
||||||||||||||||||||| !||||||||||||||||||||||||.!.|||
ValArgGluGlyAspProValAsnGluMetLeuPheIleIleArgGlyAsnLeu
29627760 : GTACGTGAAGGCGATCCTGTTAATGAGATGCTGTTCATAATTCGAGGGAACCTT : 29627813
327 : GluSerSerThrThrAsnGlyGlyArgSerGlyPhePheAsnSerIleThrLeu : 344
!!:|||! !||||||||||||||||||!!!||||||||||||||| ! !:!!
AspSerTyrThrThrAsnGlyGlyArgThrGlyPhePheAsnSerCysArgIle
29627814 : GATTCTTACACCACGAATGGCGGCCGTACCGGTTTCTTCAATTCCTGCCGCATC : 29627867
345 : LysProGlyAspPheCysGlyGluGluLeuLeuThrTrpAlaLeuMetProThr : 362
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| !
GlyProGlyAspPheCysGlyGluGluLeuLeuThrTrpAlaLeuAspProArg
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363 : SerAsnLeuAsnLeuProSerSerThrArgThrValLysSerLeuThrGluVal : 380
!!!:!:!!! !|||||||||||||||||||||||||||:!!:!!:!!||||||
ProSerValIleLeuProSerSerThrArgThrValLysAlaIleSerGluVal
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|||||||||||||||! !||||||||||||||||||||||||..!||||||::!
GluAlaPheAlaLeuIleAlaGluAspLeuLysPheValAlaGlyGlnPheArg
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|||||||||||||||!:!|||::!||| !||||||!:!|||||||||||||||
ArgLeuHisSerLysGlnLeuArgHisLysPheArgPheTyrSerHisGlnTrp
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|||.!!|||!.!||||||||||||||||||||||||||||||! !!!.!:!:::
ArgAlaTrpAlaAlaCysPheIleGlnAlaAlaTrpArgArgTyrAsnLysArg
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!:! ! !...|||||| !!!!! !|||
LysSerLeuSerGluLeuArgSerLeuGlu
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MetGlySerLysSerLeuThrPheArgValThrArgGlnLysProGluLeuValArgPro
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AlaLysSerThrProArgGluCysLysArgLeuSerAspIleAspAspGlnGluGlyLeu
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ArgPheGlnValProValIleGlnPheTyrArgSerAspAspAspHisLeuHisSerArg
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ArgAspProValLysValIleArgGluAlaIleAlaLysAlaLeuValSerTyrTyrPro
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PheAlaGlyArgLeuArgGluCysAlaGlyArgLysLeuValAlaAspCysThrGlyGlu
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GlyValMetPheIleGluAlaAspAlaGluValThrLeuGluGlnPheGlyGluGluLeu
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GlnProProPheProCysLeuGluGluLeuLeuTyrAspValProGluSerAlaGlyVal
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141 : LeuHisSerProLeuLeuLeuIleGln >>>> Target Intron 1 >>>> ValT : 151
||||||||||||||||||||||||||| 838 bp ||||
LeuHisSerProLeuLeuLeuIleGln++ ++ValT
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hrArgLeuArgCysGlyGlyPheIlePheAlaValArgLeuAsnHisThrIleAlaAspG
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
lyThrGlyLeuValGlnPheMetAsnAlaValGlyGluIleAlaArgGlyAlaSerAlaP
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
roSerValLeuProValTrpGlnArgGluArgLeuAsnAlaArgAspProProArgValT
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hrCysIleHisHisGluTyrAspGluValProAspThrLysGlyThrIleIleProLeuA
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
spAspMetValHisArgSerPhePhePheGlyProThrGluValSerAlaLeuArgLysS
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
erIleProLeuAspIleSerArgLysCysSerThrPheGluValLeuThrAlaCysLeuT
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rpArgCysArgThrIleAlaLeuGlnProGluProAsnGluGluValArgValIleCysV
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alValAsnAlaArgSerLysPheAspProProLeuProGlnGlyTyrTyrGlyAsnGlyP
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
heAlaPheProValAlaLeuThrThrAlaGlyGluLeuCysLysArgProLeuGlyTyrA
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
laLeuGluLeuValThrLysAlaLysGlyAspValThrGluAspTyrMetLysSerValA
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
laAspLeuMetValIleLysGlyArgProHisPheThrAlaValArgThrTyrValValS
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
erAspValThrArgIleGlyPheAsnGluValAspPheGlyTrpGlyArgProGluTyrG
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
lyGlyProAlaLysGlyGlyValGlyAlaIleProGlyLeuLeuSerPheTyrIleProV
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alThrAsnArgAsnGlyGluLysGlyArgValValProIleCysLeuProGlyPheAlaM
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
etAspArgPheValArgGluLeuGluLysLeuLeuSerAsnAsnHisHisSerIleIleA
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spArgSerThrPheValArgSerValLeu***
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Target: chr1
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MetGlySerLysSerLeuThrPheArgValThrArgGlnLysProGluLeuValArgP
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|||||||||||||||||||||||||||||! !||||||||||||||||||||||||||
roAlaLysSerThrProArgGluCysLysLeuLeuSerAspIleAspAspGlnGluGl
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yLeuArgPheGlnIleProValIleGlnPheTyrArgSerAspAsp------------
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GlyArgArgAspProValLysValIleArgGluAlaIleAlaLysAlaLeuValPheT
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||!.!|||||
yrTyrProPheAlaGlyArgLeuArgGluCysAlaGlyArgLysLeuValValAspCy
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
sThrGlyGluGlyValMetPheIleGluAlaAspAlaGluValThrLeuGluGlnPhe
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GlyGluGluLeuGlnProProPheProCysLeuGluGluLeuLeuTyrAspValProG
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137 : luSerAlaGlyValLeuHisSerProLeuLeuLeuIleGln >>>> Target Int : 150
||||||||||||||||||||!!!|||||||||||||||||| 1308 b
luSerAlaGlyValLeuHisCysProLeuLeuLeuIleGln++
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p ||||||||||||||||||||||||||||||||||||:!!|||||||
++ValThrArgLeuArgCysGlyGlyPheIlePheAlaLeuArgLeuA
397584 : ..........agGTAACTCGTTTGAGATGCGGGGGTTTCATCTTCGCACTGCGCCTGA : 398934
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||||||||!!::!!|||!.!.!!|||||||||||||||||||||||||||||||||||
snHisThrMetSerAspAlaAlaGlyLeuValGlnPheMetAsnAlaValGlyGluIl
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||! !||||||
eAlaArgGlyAlaSerAlaProSerValLeuProValTrpGlnArgGluLeuLeuAsn
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|||||||||||||||||||||||||||! !||||||||||||||||||||| !!||||
AlaArgAspProProArgValThrCysThrHisHisGluTyrAspGluValAlaAspT
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hrLysGlyThrIleIleProLeuAspAspMetValHisArgSerPhePhePheGlyPr
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
oThrGluValSerAlaLeuArgLysSerIleProLeuAspIleSerArgLysCysSer
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|||||||||:!!||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ThrPheGluIleLeuThrAlaCysLeuTrpArgCysArgThrIleAlaLeuGlnProG
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|||||||||||||||||||||||:!!|||:!!||||||||||||||||||||||||||
luProAsnGluGluValArgValLeuCysIleValAsnAlaArgSerLysPheAspPr
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||||||||||||||||||||||||||||!.!|||||||||||||||||||||||||||
oProLeuProGlnGlyTyrTyrGlyAsnAlaPheAlaPheProValAlaLeuThrThr
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||!.!|||:!!|
AlaGlyGluLeuCysLysArgProLeuGlyTyrAlaLeuGluLeuValAsnLysSerL
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|| !!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ysCysAspValThrGluAspTyrMetLysSerValAlaAspLeuMetValIleLysGl
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yArgProHisPheThrValValArgThrTyrLeuValSerAspValThrArgAlaGly
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|||||||||||||||||||||||||||!:!|||! !||||||||||||||||||||||
PheAsnGluValAspPheGlyTrpGlyLysProAlaTyrGlyGlyProAlaLysGlyG
399571 : TTCAATGAGGTGGACTTCGGTTGGGGAAAGCCAGCGTACGGAGGGCCGGCCAAGGGCG : 399630
398 : lyValGlyAlaIleProGlyLeuLeuSerPheTyrIleProValThrAsnArgAsnGl : 416
||||||||||||||||||||:!! !||||||||||||||| !!! !|||!:!|||||
lyValGlyAlaIleProGlyValAlaSerPheTyrIleProPheLysAsnLysAsnGl
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417 : yGluLysGlyArgValValProIleCysLeuProGlyPheAlaMetAspArgPheVal : 435
||||||||||! !|||||||||||||||||||||||||||||||||||| !||||||
yGluLysGlyIleValValProIleCysLeuProGlyPheAlaMetAspAlaPheVal
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ArgGluLeuGluAsnLeuLeuSerLysAsnHisHisSerIleAspAspHisSerThrP
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|||||||||||!.!||||||
heValArgSerAlaLeu***
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vulgar: p01 0 461 . chr1 397145 399824 + 2157 M 54 162 G 4 0 M 91 273 5 0 2 I 0 1304 3 0 2 M 312 936
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IleLeuTyrThrThrLeuValPheLeu***ValThrArgLeuArgCysGlyGlyPheI
392818 : ATATTATATACAACACTTGTATTTTTGTAGGTAACTCGTTTGAGATGCGGCGGTTTCA : 392875
160 : lePheAlaValArgLeuAsnHisThrIleAlaAspGlyThrGlyLeuValGlnPheMe : 178
||||||||:!!||||||||||||.!!!!::!!|||!.!.!!|||||||||||||||||
lePheAlaLeuArgLeuAsnHisAlaMetSerAspAlaAlaGlyLeuValGlnPheMe
392876 : TCTTCGCACTGCGCCTGAATCACGCCATGTCCGATGCTGCCGGACTAGTTCAGTTCAT : 392932
179 : tAsnAlaValGlyGluIleAlaArgGlyAlaSerAlaProSerValLeuProValTrp : 197
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
tAsnAlaValGlyGluIleAlaArgGlyAlaSerAlaProSerValLeuProValTrp
392933 : GAATGCGGTCGGCGAAATCGCACGGGGAGCTTCCGCCCCATCTGTACTGCCAGTATGG : 392989
198 : GlnArgGluArgLeuAsnAlaArgAspProProArgValThrCysIleHisHisGluT : 217
|||||||||! !|||||||||||||||||||||||||||||||||! !||||||||||
GlnArgGluLeuLeuAsnAlaArgAspProProArgValThrCysThrHisHisGluT
392990 : CAGAGAGAGCTCCTGAATGCTAGGGACCCGCCAAGGGTGACGTGCACCCATCACGAAT : 393049
218 : yrAspGluValProAspThrLysGlyThrIleIleProLeuAspAspMetValHisAr : 236
||||||||||| !!||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
yrAspGluValAlaAspThrLysGlyThrIleIleProLeuAspAspMetValHisAr
393050 : ACGATGAGGTAGCCGATACCAAAGGAACCATCATTCCCCTGGACGACATGGTCCACCG : 393106
237 : gSerPhePhePheGlyProThrGluValSerAlaLeuArgLysSerIleProLeuAsp : 255
|||||||||||||||||||.!!||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gSerPhePhePheGlyProAlaGluValSerAlaLeuArgLysSerIleProLeuAsp
393107 : CTCCTTCTTCTTCGGCCCGGCGGAGGTGTCAGCTTTGAGAAAATCCATCCCGCTCGAC : 393163
256 : IleSerArgLysCysSerThrPheGluValLeuThrAlaCysLeuTrpArgCysArgT : 275
|||||||||||||||!!!||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IleSerArgLysCysThrThrPheGluValLeuThrAlaCysLeuTrpArgCysArgT
393164 : ATCAGTCGCAAGTGTACGACATTTGAGGTTTTGACGGCCTGTCTCTGGCGTTGCCGGA : 393223
276 : hrIleAlaLeuGlnProGluProAsnGluGluValArgValIleCysValValAsnAl : 294
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hrIleAlaLeuGlnProGluProAsnGluGluValArgValIleCysValValAsnAl
393224 : CCATCGCCCTCCAGCCCGAACCCAATGAGGAAGTCCGCGTGATCTGCGTCGTCAATGC : 393280
295 : aArgSerLysPheAspProProLeuProGlnGlyTyrTyrGlyAsnGlyPheAlaPhe : 313
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||!.!||||||!!.
aArgSerLysPheAspProProLeuProGlnGlyTyrTyrGlyAsnAlaPheAlaLeu
393281 : TCGCTCCAAGTTCGATCCTCCCTTGCCACAAGGGTACTACGGCAATGCCTTTGCATTG : 393337
314 : ProValAlaLeuThrThrAlaGlyGluLeuCysLysArgProLeuGlyTyrAlaLeuG : 333
|||!.!||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ProAlaAlaLeuThrThrAlaGlyGluLeuCysLysArgProLeuGlyTyrAlaLeuG
393338 : CCGGCGGCCCTGACGACTGCCGGAGAGCTGTGCAAGAGGCCTCTCGGATATGCGTTGG : 393397
334 : luLeuValThrLysAlaLysGlyAspValThrGluAspTyrMetLysSerValAlaAs : 352
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
luLeuValThrLysAlaLysGlyAspValThrGluAspTyrMetLysSerValAlaAs
393398 : AGCTGGTGACCAAGGCCAAAGGTGATGTGACTGAAGATTACATGAAATCGGTGGCTGA : 393454
353 : pLeuMetValIleLysGlyArgProHisPheThrAlaValArgThrTyrValValSer : 371
||||||||||||||||||||||||||||||||||!.!|||||||||! !|||||||||
pLeuMetValIleLysGlyArgProHisPheThrValValArgThrCysValValSer
393455 : TTTAATGGTTATCAAGGGGAGGCCTCATTTCACCGTGGTGAGGACTTGTGTCGTGTCG : 393511
372 : AspValThrArgIleGlyPheAsnGluValAspPheGlyTrpGlyArgProGluTyrG : 391
|||||||||!:!||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AspValThrGlnIleGlyPheAsnGluValAspPheGlyTrpGlyArgProGluTyrG
393512 : GATGTTACTCAGATTGGGTTCAATGAGGTGGACTTCGGTTGGGGAAGGCCAGAGTACG : 393571
392 : lyGlyProAlaLysGlyGlyValGlyAlaIleProGlyLeuLeuSerPheTyrIlePr : 410
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:!!:!!||||||||||||||
lyGlyProAlaLysGlyGlyValGlyAlaIleProGlyValValSerPheTyrIlePr
393572 : GAGGCCCGGCCAAGGGCGGGGTTGGTGCCATCCCCGGCGTGGTGAGCTTTTACATACC : 393628
411 : oValThrAsnArgAsnGlyGluLysGlyArgValValProIleCysLeuProGlyPhe : 429
||||||||||!:!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
oValThrAsnLysAsnGlyGluLysGlyArgValValProIleCysLeuProGlyPhe
393629 : TGTCACGAACAAGAACGGGGAGAAAGGAAGAGTGGTTCCTATTTGCCTGCCGGGCTTT : 393685
430 : AlaMetAspArgPheValArgGluLeuGluLysLeuLeuSerAsnAsnHisHisSerI : 449
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlaMetAspArgPheValArgGluLeuGluLysLeuLeuSerAsnAsnHisHisSerI
393686 : GCGATGGACAGATTTGTGAGAGAGCTGGAGAAGTTGTTGAGCAACAACCATCACAGTA : 393745
450 : leIleAspArgSerThrPheValArgSerValLeu*** : 461
|||||||||||||||||! !|||||||||!.!||||||
leIleAspArgSerThrSerValArgSerAlaLeu***
393746 : TTATTGATCGCTCCACTTCTGTCAGATCAGCCCTGTGA : 393783
vulgar: p01 139 461 . chr1 392817 393783 + 1552 M 322 966
C4 Alignment:
------------
Query: p01
Target: chr1
Model: protein2genome:local
Raw score: 548
Query range: 4 -> 218
Target range: 8933563 -> 8935720
5 : SerLeuThrPheArgValThrArgGlnLysProGluLeuValArgProAlaLysSe : 23
:!!:!! !|||! !|||! !!.!:!!:!! !!||||||:!! !|||||||||!!
AlaMetGlnPheLeuValArgHisLysGluAlaGluLeuIleValProAlaLysTh
8933564 : GCAATGCAATTTCTAGTGAGACACAAGGAAGCAGAGTTGATTGTTCCTGCAAAAAC : 8933618
24 : rThrProArgGluCysLysArgLeuSerAspIleAspAspGlnGluGlyLeuArgP : 42
!||||||..!||| !:!! !|||||||||||||||||||||:!!|||! !||||
rThrProGluGluIleArgProLeuSerAspIleAspAspGlnLysGlyHisArgP
8933619 : TACCCCCGAAGAAATAAGACCACTTTCTGATATAGACGATCAAAAGGGCCACAGAT : 8933675
43 : heGlnValProValIleGlnPheTyrArgSerAspAspAspHisLeuHisSerArg : 60
||!!.:!!|||:!!|||..!|||||| ..! !!:!!!!.! ! ..!..!
heHisLeuProMetIleMetPheTyr------SerTyrAsnGlnCysMetAspGlu
8933676 : TTCATTTACCCATGATTATGTTTTAT------AGCTATAATCAGTGCATGGACGAA : 8933723
61 : ArgAspProValLysValIleArgGluAlaIleAlaLysAlaLeuValSerTyrTy : 79
!:!:!!|||||| !|||||||||.!.|||:!!|||||||||||||||! !|||||
LysAsnProValGlyValIleArgAsnAlaLeuAlaLysAlaLeuValTyrTyrTy
8933724 : AAGAACCCTGTTGGGGTGATTAGGAATGCACTAGCTAAAGCACTTGTTTATTACTA : 8933780
80 : rProPheAlaGlyArgLeuArgGluCysAlaGlyArgLysLeuValAlaAspCysT : 98
||||!:!||||||||||||! !||| ! !!..! !|||:!!:!!!.!:!!||||
rProTyrAlaGlyArgLeuIleGluGlyProSerAspLysIleLeuValAsnCysT
8933781 : TCCCTATGCCGGCAGGCTCATTGAAGGGCCTTCAGATAAGATTCTTGTCAACTGTA : 8933837
99 : hrGlyGluGlyValMetPheIleGluAlaAspAlaGluValThrLeuGluGlnPhe : 116
||!.!|||||||||:!!|||! |||||| !|||||||||! !|||!!:|||.!!
hrAlaGluGlyValValPheArgGluAlaIleAlaGluValArgLeuAspGlnLeu
8933838 : CAGCTGAAGGAGTGGTGTTTAGGGAAGCCATTGCAGAGGTTAGGCTCGATCAACTT : 8933891
117 : GlyGluGluLeuGlnProProPheProCysLeuGluGluLeuLeuTyrAspValPr : 135
!!!!: :!!|||||||||||||||! !! !:!!|||!!!||| |||!.! !
ArgAspPheMetGlnProProPheProTyrSerLysGluPheLeuIleAspAlaSe
8933892 : CGTGACTTCATGCAGCCACCATTTCCTTACTCAAAGGAGTTCTTAATAGATGCTTC : 8933948
136 : oGluSerAlaGlyValLeuHisSerProLeuLeuLeuIleGln >>>> Target : 150
!! |||.!!!.!:!!||| !!|||||||||:!!||||||||| 15
rGlySerThrAlaIleLeuAspSerProLeuMetLeuIleGln++
8933949 : TGGCTCTACAGCGATCTTGGACAGTCCGTTGATGTTGATTCAGgt........... : 8933995
151 : Intron 1 >>>> ValThrArgLeuArgCysGlyGlyPheIlePheAlaValA : 163
18 bp ||||||||||||!!!|||||||||.!!:!!.!!|||:!!|
++ValThrArgLeuSerCysGlyGlyLeuValLeuAlaIleA
8933996 : ..............agGTGACCCGCTTGAGCTGTGGTGGACTTGTCCTCGCTATTC : 8935550
164 : rgLeuAsnHisThrIleAlaAspGlyThrGlyLeuValGlnPheMetAsnAlaVal : 181
||:!!||||||||||||::!|||!.!! !|||!!!|||||||||:!!|||||||||
rgIleAsnHisThrIleSerAspAlaIleGlyPheValGlnPheLeuAsnAlaVal
8935551 : GCATAAACCATACAATTAGTGATGCAATTGGCTTTGTCCAGTTTCTGAATGCAGTA : 8935604
182 : GlyGluIleAlaArgGly<->AlaSerAlaProSerValLeuProValTrpGlnAr : 199
.!!:!!|||:!!!:!! ! :!!|||||||||||| !|||||||||||||||||
SerGlnIleSerLysAspProSerSerAlaProSerProLeuProValTrpGlnAr
8935605 : AGCCAAATATCCAAAGATCCATCGTCAGCACCTTCTCCATTACCTGTGTGGCAAAG : 8935661
200 : gGluArgLeuAsnAlaArgAspProProArgValThrCysIleHisHisGluTyrA : 218
| !! !|||!:!||||||:!!|||||| !|||||||||:!:|||:!!|||!:!!
gTrpLeuLeuSerAlaArgAsnProProTyrValThrCysValHisAsnGluPheG
8935662 : ATGGCTCTTAAGTGCCAGAAATCCACCATACGTCACATGTGTGCATAATGAGTTCG : 8935718
219 : sp : 218
!:
lu
8935719 : AG : 8935720
vulgar: p01 4 218 . chr1 8933563 8935720 + 548 M 46 138 G 2 0 M 97 291 5 0 2 I 0 1514 3 0 2 M 38 114 G 0 3 M 31 93
C4 Alignment:
------------
Query: p01
Target: chr1
Model: protein2genome:local
Raw score: 441
Query range: 231 -> 442
Target range: 8935774 -> 8936398
232 : AspMetValHisArgSerPhePhePheGlyProThrGluValSerAlaLeuArgLy : 250
:!!:!:|||!.!!:!.!!|||||||||||| !! !|||:!!!.!|||:!!!:!||
AsnLeuValArgLysGlyPhePhePheGlyAlaGlnGluIleLysAlaIleLysLy
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|! !:!!|||! !:!!||| !! ! ...|||! !|||!!::!!:!!||||||!
sTyrLeuProProAsnIlePro---TyrAlaSerLysPheAspLeuValThrAlaP
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!:!!||||||! |||||||||||||||:!! !!!:|||.!.||| |||! !
heValTrpArgSerArgThrIleAlaLeuGluLeuAspProGluGluIleValThr
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:!!! !! !!.!||||||!.!|||..!||| ! ! ||| !||||||...|||||
LeuThrTyrAlaValAsnValArgAspLysAsnLysProLysLeuProSerGlyTy
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||||||||||||||||!.!! !|||!.!|||:!!:!!! !!.!..!:!!||||||!
rTyrGlyAsnGlyPheValSerProAlaAlaValSerLysValAsnGlnLeuCysA
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!.!.! !!!!!! !||||||||||||||||||! !||||||||| !!!:||||||
snAsnSerPheValTyrAlaLeuGluLeuValLysLysAlaLysHisGluValThr
8936052 : ACAATTCATTTGTCTATGCATTAGAGCTAGTGAAGAAAGCAAAACATGAAGTTACT : 8936105
344 : GluAspTyrMetLysSerValAlaAspLeuMetValIleLysGlyArgProHisPh : 362
|||! !!:!!!:||||||!.! !|||! !! |||:!: ! |||!:!||| !:
GluGlyPheIleLysSerAlaIleAspTyrSerValLeuHisGlyLysProGlyTy
8936106 : GAGGGCTTCATCAAATCGGCCATTGACTATAGTGTTTTGCATGGAAAACCAGGGTA : 8936162
363 : e<->ThrAlaValArgThrTyrValValSerAspValThrArgIleGlyPheAsnG : 380
! ||| !:!!!:! !!:::!!|||||||||!.!:!!||| !|||.!!:!!!
rSerThrLeuLeuLysAspTrpIleValSerAspAlaSerArgAlaGlyIleAspA
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!:||||||||||||||||||!:!||| ||||||||| !! ! ! |||||| !
spValAspPheGlyTrpGlyLysProIleTyrGlyGlyThrMetAspGlyGlyPro
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!! ! !:!!!!! !!||| ! ! !! !|||!.!.!.|||!!
---------ThrPheAsnMetThrValTyrSerGlnPheArgAsnAsnGlnGlyAs
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: ! ||| !|||||||||:!:|||||||||! ! ||||||!!:!.!||| !!
pAspGlyLeuValValProValCysLeuProValAlaAlaMetGluAsnPheGlnL
8936322 : TGATGGTTTGGTGGTGCCAGTGTGCTTGCCTGTTGCAGCCATGGAGAATTTTCAGA : 8936378
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:!|||:!!||||||:!!:!!
ysGluMetGluLysMetIle
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vulgar: p01 231 442 . chr1 8935774 8936398 + 441 M 26 78 G 1 0 M 104 312 G 0 3 M 36 108 G 3 0 M 41 123
C4 Alignment:
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Query: p01
Target: chr1
Model: protein2genome:local
Raw score: 200
Query range: 15 -> 187
Target range: 26996718 -> 26997222
16 : GluLeuValArgProAlaLysSerThrProArgGluCysLysArgLeuSerAsp : 33
.!.:!!|||!:!||||||!:! !!! !||||||:!! ! ! !||||||!!:
HisIleValLysProAlaArgProIleProArgLysValMetTyrLeuSerGlu
26996719 : CACATTGTCAAACCAGCAAGGCCAATCCCCAGGAAAGTAATGTATTTATCTGAG : 26996770
34 : IleAspAspGlnGluGlyLeuArgPheGlnValProValIleGlnPheTyrArg : 51
!|||.!. :!! !|||! ! !!.!.! !!..!:!!!!.||||||!:!
CysAspGlnCysLysProLeuThr---HisAlaThrThrValHisPheTyrLys
26996771 : TGTGATCAATGTAAACCCTTGACT---CATGCAACTACCGTCCACTTTTACAAG : 26996821
52 : SerAspAspAspHisLeuHisSerArgArgAspProValLysValIleArgGlu : 69
!!!!::!! .!.||| ! !!:!||| !!..!!:!|||:!:!:!!!:
ProGluAsnProGluLeu------LeuLysAspAlaThrArgValLeuLysAsp
26996822 : CCAGAAAATCCAGAATTG------CTAAAAGATGCCACTAGGGTTTTGAAAGAC : 26996869
70 : AlaIleAlaLysAlaLeuValSerTyrTyrProPheAlaGlyArgLeuArgGlu : 87
:!!:!!::!:!!||||||!.!:!!!:!||||||.!!|||||||||||| !:!!
SerLeuSerGluAlaLeuAlaAlaPheTyrProLeuAlaGlyArgLeuTyrGln
26996870 : TCATTAAGCGAAGCCTTGGCAGCTTTTTATCCTCTTGCTGGACGTTTATACCAG : 26996923
88 : CysAlaGlyArgLysLeuValAlaAspCysThrGlyGluGlyValMetPheIle : 105
! !||| !!::!:!!! ! ! !|||!.!..! !|||!.!:!:.!!:!!
LysAspGlyGlyArgValGluLeuArgCysAsnSerMetGlyAlaLeuLeuLeu
26996924 : AAAGATGGAGGCCGAGTTGAGCTGCGTTGCAATTCCATGGGTGCTTTACTTCTT : 26996977
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||||||.!.:!!|||:!!! !:!!|||.!.||||||!!: ! ! |||
GluAlaGlnSerGluLeuLysIleGluAspPheGlyAspPheCys------Pro
26996978 : GAAGCTCAATCTGAACTCAAAATCGAGGATTTTGGAGACTTTTGC------CCA : 26997025
124 : PheProCysLeuGluGluLeuLeuTyrAspValProGluSerAlaGlyValLeu : 141
!||| :!!...! |||:!! !:!! ! ! !:! ! ! !|||
ThrProGlnIleArgAlaLeuIleProProIleAspTyrAsnAsnThrProLeu
26997026 : ACTCCACAAATCCGTGCCCTGATCCCACCTATAGATTACAATAATACTCCACTT : 26997079
142 : HisSer<->ProLeuLeuLeuIleGlnValThrArgLeuArgCysGlyGlyPhe : 158
|||..! ||||||||||||:!:|||:!!|||!:!!!! !||||||||| !!
HisGluValProLeuLeuLeuValGlnIleThrLysPheAlaCysGlyGlyVal
26997080 : CATGAGGTACCGCTCCTTCTAGTGCAAATCACAAAGTTTGCCTGTGGTGGTGTT : 26997133
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!!!.!.! ! !:!!:::|||..!|||!.!|||||| !.!! ! !!!.
SerLeuGlySerAlaValSerHisValIleValAspGlyGlnSerGlyCysHis
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177 : PheMetAsnAlaValGlyGluIleAlaArgGly : 187
|||:!: !! ! !!.!:!!||||||||||||
PheValAlaGluTrpAlaLysIleAlaArgGly
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vulgar: p01 15 187 . chr1 26996718 26997222 + 200 M 26 78 G 1 0 M 15 45 G 2 0 M 61 183 G 2 0 M 21 63 G 0 3 M 44 132
C4 Alignment:
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Query: p04
Target: chr1
Model: protein2genome:local
Raw score: 127
Query range: 19 -> 61
Target range: 21640518 -> 21640638
20 : SerValAlaValIleLysSerAspLysAspThrArgTyrAlaLeuAspSerIle : 37
|||||||||!.!|||||||||:!! ||||||!!! |||||||||||||||
SerValAlaAlaIleLysSerAsn---AspThrSer---AlaLeuAspSerIle
21640519 : AGTGTTGCAGCTATAAAATCGAAC---GACACTAGT---GCATTGGATTCAATT : 21640564
38 : ValThrHisAspGlyGluLysLeuProCysTrpProLeuAlaAsnLeuSerSer : 55
||||||!!.||||||||||||||||||! !||||||! !|||||||||||||||
ValThrGlnAspGlyGluLysLeuProTyrTrpProProAlaAsnLeuSerSer
21640565 : GTCACACAAGATGGAGAAAAGTTGCCATACTGGCCACCGGCAAATCTTTCATCA : 21640618
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|||!:!||||||||||||
PheLysGlnLysLeuGly
21640619 : TTCAAACAAAAGCTTGGC : 21640638
vulgar: p04 19 61 . chr1 21640518 21640638 + 127 M 8 24 G 1 0 M 3 9 G 1 0 M 29 87
C4 Alignment:
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Query: p01
Target: chr1 [revcomp]
Model: protein2genome:local
Raw score: 930
Query range: 7 -> 442
Target range: 19535379 -> 19337551
8 : PheArgValThrArgGlnLysProGluLeuValArgProAlaLysSerThrPro : 25
||| !|||! !!.!:!!:!! !!||||||:!! !||||||||| !!||||||
PheLeuValArgHisLysGluAlaGluLeuIleValProAlaLysProThrPro
19535379 : TTTTTAGTGAGACATAAGGAAGCAGAGTTGATTGTCCCTGCAAAACCTACTCCC : 19535328
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|||||| !:!! !|||||||||||||||||||||:!!|||! !||||||!!.
ArgGluIleArgProLeuSerAspIleAspAspGlnLysGlyHisArgPheHis
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:!!|||:!!|||..!|||!:! ..! !!:!!!!.!!! ..!..!!:!
LeuProMetIleMetPhePhe------SerTyrAsnGlnPheLeuAspGluLys
19535273 : TTACCCATGATTATGTTTTTT------AGCTATAATCAATTCTTGGACGAAAAG : 19535226
62 : AspProValLysValIleArgGluAlaIleAlaLysAlaLeuValSerTyrTyr : 79
:!!|||||| !|||||||||!!:|||:!!|||||||||||||||! !||||||
AsnProValGlyValIleArgAspAlaValAlaLysAlaLeuValTyrTyrTyr
19535225 : AACCCTGTTGGGGTGATTAGGGATGCAGTAGCTAAAGCACTTGTTTATTACTAT : 19535172
80 : ProPheAlaGlyArgLeuArgGluCysAlaGlyArgLysLeuValAlaAspCys : 97
|||!:!||||||||||||! !||| ! !!..! !|||:!!:!!!.!:!!|||
ProTyrAlaGlyArgLeuIleGluGlyProSerAspLysIleLeuValAsnCys
19535171 : CCCTATGCAGGCAGGCTCATTGAAGGGCCTTCAGATAAGATTCTTGTCAACTGC : 19535118
98 : ThrGlyGluGlyValMetPheIleGluAlaAspAlaGluValThrLeuGluGln : 115
|||!.!|||||||||:!!|||! !|||||| !||||||||| !|||!!:|||
ThrAlaGluGlyValValPheArgGluAlaIleAlaGluValGlyLeuAspGln
19535117 : ACAGCTGAAGGGGTGGTGTTTAGAGAAGCCATTGCAGAGGTTGGGCTCGATCAA : 19535064
116 : PheGlyGluGluLeuGlnProProPheProCysLeuGluGluLeuLeuTyrAsp : 133
.!! !!!!: :!!|||||||||||||||! !! !:!!|||!!!||| |||
LeuArgAspPheMetGlnProProPheProTyrSerLysGluPheLeuValAsp
19535063 : CTTCGTGACTTCATGCAGCCACCATTTCCTTACTCAAAGGAGTTCTTAGTGGAT : 19535010
134 : ValProGluSerAlaGlyValLeuHisSerProLeuLeuLeuIleGln >>>> : 150
!.! !!!!:|||.!!! !:!!||| !!|||||||||:!!|||||||||
AlaSerAspSerThrGluIleLeuAspSerProLeuMetLeuIleGln++
19535009 : GCTTCTGACTCTACAGAGATCTTGGACAGTCCATTGATGTTGATTCAGgt.... : 19534957
151 : Target Intron 1 >>>> ValThrArgLeuArgCysGlyGlyPheIleP : 160
917 bp ||||||||||||! !|||||||||.!!:!!.
++ValThrArgLeuIleCysGlyGlyLeuValL
19534956 : .....................agGTGACTCGCTTGATCTGTGGTGGACTTGTCC : 19534012
161 : heAlaValArgLeuAsnHisThrIleAlaAspGlyThrGlyLeuValGlnPheM : 178
!!|||:!!|||:!!||||||.!!|||::!|||!.!..!||||||!.!||||||:
euAlaIleArgIleAsnHisAlaIleSerAspAlaValGlyLeuAlaGlnPheL
19534011 : TTGCTATTCGCATAAACCATGCAATTAGTGATGCAGTTGGCTTAGCCCAGTTTC : 19533958
179 : etAsnAlaValGlyGluIleAlaArgGly<->AlaSerAlaProSerValLeuP : 195
!!|||||||||.!!:!!|||:!!!:!! ! :!!|||||||||||| !||||
euAsnAlaValSerGlnIleSerLysAspProSerSerAlaProSerProLeuP
19533957 : TGAATGCAGTAAGCCAAATATCCAAAGATCCATCATCAGCACCTTCTCCATTAC : 19533904
196 : roValTrpGlnArgGluArgLeuAsnAlaArgAspProProArgValThrCysI : 213
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roValTrpGlnArgTrpLeuLeuSerAlaArgAsnProProTyrValThrCysV
19533903 : CTGTGTGGCAAAGATGGCTCTTAAGTGCAAGAAATCCACCATACGTCACATGTG : 19533850
214 : leHisHisGluTyrAspGluValProAspThr{L} >>>> Target Intro : 224
!:|||:!!|||!:! |||||| !!!:!.!{|} 195618 bp
alHisAsnGluPhe---GluValGluGluAsn{L}++
19533849 : TGCATAATGAGTTC---GAGGTGGAAGAAAAC{A}gt................. : 19533817
225 : n 2 >>>> {ys}GlyThrIleIleProLeuAsp<->AspMetValHisArgS : 237
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++{ys}ProThrIleLeuAlaSerProLeuAsnLeuValArgArgG
19533816 : ........ag{AG}CCTACAATATTGGCCTCCCCTCTCAACCTTGTACGCAGAG : 19338160
238 : erPhePhePheGlyProThrGluValSerAlaLeuArgLysSerIleProLeuA : 255
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lyPhePhePheGlyAlaGlnGluIleLysAlaIleLysLysTyrLeuProProA
19338159 : GCTTCTTTTTTGGAGCACAAGAGATAAAAGCCATCAAGAAATATCTTCCACCAA : 19338106
256 : spIleSerArgLysCysSerThrPheGluValLeuThrAlaCysLeuTrpArgC : 273
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snIlePro---TyrAlaThrLysPheAspLeuValThrAlaLeuValTrpArgS
19338105 : ACATTCCT---TATGCAACAAAATTTGATTTGGTAACTGCACTTGTATGGAGAT : 19338055
274 : ysArgThrIleAlaLeuGlnProGluProAsnGluGluValArgValIleCysV : 291
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erArgThrIleAlaLeuGlnLeuAspProGluGluPheValThrLeuThrTyrA
19338054 : CAAGAACAATAGCCTTACAATTGGATCCTGAAGAATTCGTTACTCTTACCTATG : 19338001
292 : alValAsnAlaArgSerLysPheAspProProLeuProGlnGlyTyrTyrGlyA : 309
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laValAsnValArgGlyLysAsnLysProLysLeuProSerGlyTyrTyrGlyA
19338000 : CAGTCAATGTTCGTGGTAAAAATAAACCAAAGTTGCCTAGTGGTTATTATGGCA : 19337947
310 : snGlyPheAlaPheProValAlaLeuThrThrAlaGlyGluLeuCysLysArgP : 327
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snGlyPheValSerProAlaAlaValSerLysValSerGlnLeuTyrAsnAsnS
19337946 : ATGGATTTGTCTCTCCCGCTGCAGTCTCAAAGGTCAGCCAATTGTACAACAATT : 19337893
328 : roLeuGlyTyrAlaLeuGluLeuValThrLysAlaLysGlyAspValThrGluA : 345
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erPheValTyrAlaLeuGluLeuValLysLysAlaLysHisGlnValThrGluA
19337892 : CATTTGTCTATGCATTAGAGCTAGTGAAGAAAGCAAAACATCAAGTAACTGAGG : 19337839
346 : spTyrMetLysSerValAlaAspLeuMetValIleLysGlyArgProHisPhe< : 363
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spPheIleLysSerAlaIleAspTyrSerValLeuHisGlyLysProGlyTyrS
19337838 : ACTTCATCAAGTCAGCCATTGACTATAGTGTTTTGCATGGAAAACCAGGGTATT : 19337785
364 : ->ThrAlaValArgThrTyrValValSerAspValThrArgIleGlyPheAsnG : 380
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erThrLeuLeuLysAspTrpIleValSerAspAlaSerArgThrGlyIleAspG
19337784 : CTACGCTGTTGAAGGATTGGATTGTTTCGGATGCATCAAGAACTGGAATTGACG : 19337731
381 : luValAspPheGlyTrpGlyArgProGluTyrGlyGlyProAlaLysGlyGlyV : 398
||||||||||||||||||||!:!||| ||||||||| !! ! ! ||||||
luValAspPheGlyTrpGlyLysProIleTyrGlyGlyThrMetAspGlyGlyP
19337730 : AGGTAGATTTTGGCTGGGGAAAGCCAATTTATGGTGGAACTATGGATGGAGGAC : 19337677
399 : alGlyAlaIleProGlyLeuLeuSerPheTyrIleProValThrAsnArgAsnG : 416
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ro---------ThrPheAsnMetThrValTyrSerArgLeuArgAsnThrGlnG
19337676 : CA---------ACTTTTAATATGACAGTTTATTCGCGACTTCGAAATACCCAAG : 19337632
417 : lyGluLysGlyArgValValProIleCysLeuProGlyPheAlaMetAspArgP : 434
||!!: ! ||| !|||||| !!:!!|||||||||! ! ||||||!!:!.!|
lyAspAspGlyLeuValValAlaValCysLeuProValAlaAlaMetGluAsnP
19337631 : GAGATGATGGGTTGGTGGTGGCAGTTTGCTTGCCAGTTGCAGCCATGGAAAATT : 19337578
435 : heValArgGluLeuGluLysLeuLeu : 442
|| !!:!|||:!!||||||:!!:!!
heGlnLysGluMetGluLysMetIle
19337577 : TTCAGAAGGAGATGGAGAAAATGATC : 19337552
vulgar: p01 7 442 . chr1 19535379 19337551 - 930 M 43 129 G 2 0 M 97 291 5 0 2 I 0 913 3 0 2 M 38 114 G 0 3 M 30 90 G 1 0 M 5 15 S 0 1 5 0 2 I 0 195614 3 0 2 S 1 2 M 7 21 G 0 3 M 26 78 G 1 0 M 104 312 G 0 3 M 36 108 G 3 0 M 41 123
C4 Alignment:
------------
Query: p01
Target: chr1 [revcomp]
Model: protein2genome:local
Raw score: 837
Query range: 4 -> 442
Target range: 8851929 -> 8819567
5 : SerLeuThrPheArgValThrArgGlnLysProGluLeuValArgProAlaLysSe : 23
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AlaMetGlnPheArgValArgHisLysGluAlaGluLeuIleValProAlaLysTh
8851929 : GCAATGCAATTTCGAGTGAGACACAAGGAAGCAGAGTTGATTGTTCCTGCAAAAAC : 8851875
24 : rThrProArgGluCysLysArgLeuSerAspIleAspAspGlnGluGlyLeuArgP : 42
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rThrProGlnGluIleArgProLeuSerAspIleAspAspGlnLysGlyHisArgP
8851874 : TACCCCCCAAGAAATAAGACCACTTTCTGATATAGACGATCAAAAGGGCCACAGAT : 8851818
43 : heGlnValProValIleGlnPheTyrArgSerAspAspAspHisLeuHisSerArg : 60
||!!.:!!|||:!!|||..!|||||| ..! !!:!!!!.! ! ..!..!
heHisLeuProMetIleMetPheTyr------SerTyrAsnGlnCysMetAspGlu
8851817 : TTCATTTACCCATGATTATGTTTTAT------AGCTATAATCAGTGCATGGACGAA : 8851770
61 : ArgAspProValLysValIleArgGluAlaIleAlaLysAlaLeuValSerTyrTy : 79
!:!:!!|||||| !|||||||||!!:|||:!!|||||||||||||||! !|||||
LysAsnProValGlyValIleArgAspAlaValAlaLysAlaLeuValTyrTyrTy
8851769 : AAGAACCCTGTTGGGGTGATTAGGGATGCAGTAGCTAAAGCACTTGTTTATTACTA : 8851713
80 : rProPheAlaGlyArgLeuArgGlu<-><->CysAlaGlyArgLysLeuValAlaA : 96
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rProTyrAlaGlyArgLeuIleGluGlyProThrGlyAlaGlyLysIlePheValA
8851712 : TCCCTATGCCGGCAGGCTCATTGAAGGGCCTACAGGTGCAGGTAAGATTTTTGTCA : 8851656
97 : spCysThrGlyGluGlyValMetPheIleGluAlaAspAlaGluValThrLeuGlu : 114
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snCysThrAlaGluGlyAlaValPheArgGluAlaIleAlaGluValMetLeuGlu
8851655 : ACTGCACAGCTGAAGGGGCGGTGTTTAGAGAAGCCATTGCGGAGGTTATGCTCGAG : 8851602
115 : GlnPheGlyGluGluLeuGlnProProPheProCysLeuGluGluLeuLeuTyrAs : 133
|||.!! !!!!: :!!!:!||||||! !|||! !! !:!!|||!!!||| ||
GlnLeuArgAspPheIleArgProProCysProPheSerLysGluPheLeuValAs
8851601 : CAACTTCGTGACTTCATCCGGCCACCATGTCCTTTCTCAAAGGAGTTCTTAGTGGA : 8851545
134 : pValProGluSerAlaGlyValLeuHisSerProLeuLeuLeuIleGln >>>> : 150
| ! !! |||.!!! !:!!||| !!|||||||||:!!|||||||||
pSerPheGlySerThrGluIleLeuAspSerProLeuMetLeuIleGln++
8851544 : TTCTTTTGGCTCTACAGAGATCTTGGATAGTCCATTGATGTTGATTCAAgt..... : 8851492
151 : Target Intron 1 >>>> ValThrArgLeuArgCysGlyGlyPheIlePheA : 161
31039 bp :!!:!!||||||! !|||||||||.!!:!!.!!|
-+MetSerArgLeuIleCysGlyGlyLeuValLeuA
8851491 : ....................tgATGTCCCGCTTGATCTGTGGTGGACTTGTCCTTG : 8820422
162 : laValArgLeuAsnHisThrIleAlaAspGlyThrGlyLeuValGlnPheMetAsn : 179
||:!!|||:!!||||||.!!|||::!||||||! !|||||||||||||||:!!! !
laIleArgIleAsnHisAlaIleSerAspGlyIleGlyLeuValGlnPheLeuIle