Skip to content

Latest commit

 

History

History
426 lines (296 loc) · 16.5 KB

abacus-oneapi.md

File metadata and controls

426 lines (296 loc) · 16.5 KB
Raw

Intel oneAPI 2024.x 编译 ABACUS 教程

作者：陈诺，邮箱：[email protected]

最后更新时间：2024/07/14

Intel OneAPI 工具链

简介

本教程介绍如何使用 oneAPI 2024 工具链编译 ABACUS。

OneAPI Base Toolkit

OneAPI Base Toolkit 提供了一系列基础工具和库，包括 BLAS, LAPACK, ScaLAPACK and FFTW3 等关键组件：

  • Intel® oneAPI DPC++/C++ Compiler：面向 CPU、GPU、FPGA 的 C++ 编译器。
  • Intel® oneAPI DPC++ Library：提供并行算法的库。
  • Intel® oneAPI Math Kernel Library：即 MKL，提供高度优化的数学函数库，包括线性代数、FFT 等。
  • Intel® VTune™ Profiler：性能分析优化工具。

OneAPI HPC Toolkit

OneAPI HPC Toolkit 是为高性能计算（HPC）特别优化的工具集，它在 OneAPI Base Toolkit 的基础上增加了更多针对 HPC 应用的特性和工具，包括：

  • Intel® oneAPI DPC++/C++ Compiler：含有 MPI 编译器。
  • Intel® Fortran Compiler & Intel® Fortran Compiler Classic：Fortran 编译器。
  • Intel® MPI Library：MPI 库。

安装

可以从官网上获得最新的安装包。安装需要管理员权限。

Download the Intel® oneAPI Base Toolkit

Download the Intel® HPC Toolkit

  • Offline installer

    • Base Toolkit

      • 下载
      wget https://registrationcenter-download.intel.com/akdlm/IRC_NAS/9a98af19-1c68-46ce-9fdd-e249240c7c42/l_BaseKit_p_2024.2.0.634_offline.sh
      • 安装，可选图形化界面安装
      sudo sh ./l_BaseKit_p_2024.2.0.634_offline.sh
      • 或直接在shell中静默安装
      sudo sh ./l_BaseKit_p_2024.2.0.634_offline.sh -a --silent --cli --eula accept

      • HPC Toolkit

        • 下载
         wget https://registrationcenter-download.intel.com/akdlm/IRC_NAS/d4e49548-1492-45c9-b678-8268cb0f1b05/l_HPCKit_p_2024.2.0.635_offline.sh

      • 安装，类似

      sudo sh ./l_HPCKit_p_2024.2.0.635_offline.sh -a --silent --cli --eula accept

  • 按照默认配置，全局安装目录位于/opt/intel/oneapi。以2024.2版本为例，该目录如下：

➜  oneapi ls
2024.2   basekit  common    dal       dev-utilities  dnnl      dpl     installer  ippcp      logs  modulefiles-setup.sh  setvars.sh   tbb  vtune
advisor  ccl      compiler  debugger  diagnostics    dpcpp-ct  hpckit  ipp        licensing  mkl   mpi                   support.txt  tcm
  • 其中有一些重要的目录和工具，如 2024.2/ 和 installer/

环境变量设置

要使用 oneAPI 提供的编译器和库，需要正确设置环境。

  • 2024.0 及之后的版本，使用了新的目录布局。这导致了和老版本不同的环境配置方式。

参见 Use the setvars and oneapi-vars Scripts with Linux*

  • 和之前的版本相比，由组件目录布局（Component Directory Layout）改为统一目录布局（Unified Directory Layout），新版本的所有组件（bin, lib, include, share）等统一放在以工具包版本号命名的顶级目录中。
  • 在原先的 Component Directory Layout 中，不同的组件有各自的环境变量设置脚本，由一个位于 oneAPI 安装目录的脚本 /opt/intel/oneapi/setvars.sh 统一管理。新版的 Unified Directory Layout 中，每个组件被集中到组件共用的共享文件夹中，即每个组件将其头文件提供给一个公共的 include 文件夹，将其库文件提供给一个公共的 lib 文件夹，以此类推。这样，不同版本工具包之间的切换更容易，无需维护通用的 setvars.sh，而是通过工具包版本号命名的目录提供的脚本 /opt/intel/oneapi/<toolkit-version>/oneapi-vars.sh 设置。
  • 以 2024.2 为例，每次使用 icpx 等编译器之前，需要在 shell 环境中 source 一次脚本：
. /opt/intel/oneapi/2024.2/oneapi-vars.sh
# configure, build, ...

此时，编译器应该被添加到环境中，可以运行命令检查是否正确配置：

# source前
➜  oneapi mpiicpx -v
zsh: command not found: mpiicpx
# source后
➜  oneapi mpiicpx -v
mpiicpx for the Intel(R) MPI Library @IMPI_OFFICIALVERSION@ for Linux*
Copyright Intel Corporation.
Intel(R) oneAPI DPC++/C++ Compiler 2024.2.0 (2024.2.0.20240602)
Target: x86_64-unknown-linux-gnu
Thread model: posix
InstalledDir: /opt/intel/oneapi/compiler/2024.2/bin/compiler
Configuration file: /opt/intel/oneapi/compiler/2024.2/bin/compiler/../icpx.cfg
Found candidate GCC installation: /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/11
Selected GCC installation: /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/11
Candidate multilib: .;@m64
Selected multilib: .;@m64
icpx: warning: argument unused during compilation: '-I /opt/intel/oneapi/2024.2/include' [-Wunused-command-line-argument]

source 和.命令

  • . 命令在 POSIX 标准中定义，因此它在所有 POSIX 兼容的 shell 中都应该可用。
  • source 命令一般情况下是 . 的别名，但在某些环境中不可用。如果脚本不能使用 source，请换成通用的 .

这一步会配置环境变量，但是并不会设定默认的 C++ 编译器。因此，设置了 oneAPI 编译器的环境变量之后，还需要在配置（configure）时指定构建（build）采用的编译器，如 CXX=icpx。

  • 2024.0 开始，原先的 classical 编译器停止使用。

Intel® C++ Compiler Classic Release Notes

请使用新的 icpx/mpiicpx 取代原来的 icpc/mpiicpc。

abacus 安装

依赖库

安装 cereal

sudo apt install libcereal-dev

安装 elpa

在 Ubuntu22.04 等发行版中，可以通过 apt 获取预构建的 elpa 包（pre-build packages）。不幸的是，使用不同的 MPI 库构建 elpa 可能会导致冲突，apt 获取的 elpa 包和 oneAPI 2024.2 在运行时可能出现问题。

/usr/bin/ld: warning: libmpi.so.40, needed by /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libelpa.so, may conflict with libmpi.so.12

运行算例时报错：

* * * * * *
 << Start SCF iteration.
Abort(403251971) on node 0 (rank 0 in comm 0): Fatal error in internal_Bcast: Unknown error class, error stack:
internal_Bcast(4152): MPI_Bcast(buffer=0x2c0e960, count=1, INVALID DATATYPE, 1, comm=0xc400001b) failed
internal_Bcast(4112): Invalid datatype
Abort(67707651) on node 1 (rank 1 in comm 0): Fatal error in internal_Bcast: Unknown error class, error stack:
internal_Bcast(4152): MPI_Bcast(buffer=0x2fcdac0, count=1, INVALID DATATYPE, 1, comm=0xc4000013) failed
internal_Bcast(4112): Invalid datatype

因此，我们需要手动利用 oneAPI 工具链构建 elpa。

使用 toolchain

由于 elpa 的编译较复杂，我们可以通过 abacus toolchain 脚本自动构建和安装 elpa。该脚本用 icpx 和 mpiicpc 编译 elpa，同时会默认安装 cereal 和 libxc。

一键配置编译 ABACUS | toolchain 脚本的使用

. /opt/intel/oneapi/2024.2/oneapi-vars.sh
cd abacus-develop/toolchain
./toolchain_intel.sh # 脚本将会用intel工具链安装依赖。

安装完成的库目录为 abacus-develop/toolchain/install.

# 安装完成的库目录为abacus-develop/toolchain/install
 ➜  toolchain git:(develop) ✗ ls install
cereal-1.3.2  cmake-3.28.1  elpa-2023.05.001  libxc-6.2.2  lsan.supp  setup  toolchain.conf  toolchain.env  tsan.supp  valgrind.supp
  • 使用toolchain构建的elpa，在构建abacus时有警告如下，暂未发现影响使用。该问题由scalapack库未指定mkl版本导致，“自行编译安装”方式（见下）无此问题。

参见2.4 Non standard paths or non standard libraries

/usr/bin/ld: warning: libmpi.so.40, needed by /lib/x86_64-linux-gnu/libscalapack-openmpi.so.2.1, may conflict with libmpi.so.12

也可以根据 documentation/INSTALL.md · master · elpa / elpa · GitLab，自行编译安装 elpa。

自行编译安装

自行下载和安装 elpa 到环境中。以 oneAPI 2024.2 和 elpa-2024.05.001 为例。

  • 在官网下载 elpa 包。
wget https://elpa.mpcdf.mpg.de/software/tarball-archive/Releases/2024.05.001/elpa-2024.05.001.tar.gz

tar xvf elpa-2024.05.001.tar.gz
  • 安装脚本，仅供参考。这一步可能需要几分钟。如果运行脚本时显示oneAPI warnings提示已经设置过环境变量并退出，请打开一个新的shell环境，执行安装脚本。最后的make install和ln需要sudo权限，如果无法提供，请手动完成这两步。
#!/bin/bash -e

# buildelpa.sh
# run in elpa main dir

# source oneAPI environments
echo "using oneAPI 2024.2"
. /opt/intel/oneapi/2024.2/oneapi-vars.sh \
|| { echo "Failed to load oneAPI environment. Please restart in a new shell without oneAPI vars set."; false; }

# in elpa main dir
# check whether there is a 'build' directory
if [ -d "build" ]; then
    echo "rm -rf build"
    rm -rf build
fi
mkdir build && cd build

MKL_HOME=/opt/intel/oneapi/2024.2

CC=mpiicx CXX=mpiicpx FC=mpiifort ../configure \
--disable-avx --disable-avx2 --disable-avx512 --disable-sse --disable-sse-assembly \
SCALAPACK_LDFLAGS="-L$MKL_HOME/lib/ -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential \
                             -lmkl_core -lmkl_blacs_intelmpi_lp64 -lpthread -lm -Wl,-rpath,$MKL_HOME/lib/" \
SCALAPACK_FCFLAGS="-L$MKL_HOME/lib/ -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential \
                    -lmkl_core -lmkl_blacs_intelmpi_lp64 -lpthread -lm -I$MKL_HOME/include/mkl/intel64/lp64"

make -j$(nproc) > make.log 2>&1 
echo "installation process may require administrative privileges."
read -p "Would you like to continue with 'sudo make install'? (y/n): " -n 1 -r
echo    # (Optional) Move to a new line

if [[ $REPLY =~ ^[Yy]$ ]]
then
    echo "Proceeding with installation using administrative privileges..."
    sudo make install > install.log 2>&1 
else
    echo "Installation has been canceled."
    echo "Please manually execute 'make install' and link elpa to default path."
fi

# link elpa to /usr/local/include

# The target path for the symbolic link
LINK_PATH="/usr/local/include/elpa"
# The source path for the original link (replace with the actual source path)
SOURCE_PATH="/usr/local/include/elpa-2024.05.001/elpa"

# Check if the link exists
if [ -L "$LINK_PATH" ]; then
    # If the link exists, delete it
    echo "The link already exists, deleting the old link..."
    sudo rm "$LINK_PATH"
else
    # If the link does not exist, check for the presence of a file or directory
    if [ -e "$LINK_PATH" ]; then
        echo "A file or directory exists at the path, unable to create the link. Please delete or rename the file/directory first."
        exit 1
    fi
fi

# Create a new symbolic link
sudo ln -s "$SOURCE_PATH" "$LINK_PATH"

# Check if the link was created successfully
if [ -L "$LINK_PATH" ]; then
    echo "The new symbolic link has been created successfully."
else
    echo "Failed to create the symbolic link."
    exit 1
fi

echo "elpa install over."

安装 ABACUS

配置好依赖后，我们可以开始安装 ABACUS。

构建时，可以选择利用 abacus-develop/toolchain/build_abacus_intel.sh 脚本直接构建 ABACUS（在其中修改配置选项），也可自行构建。

如果选择 toolchain 安装，需要记住此前安装 elpa 的目录。

# 设置环境
. /opt/intel/oneapi/2024.2/oneapi-vars.sh
# configure
# 在此选择oneAPI的编译器，添加编译选项，指定此前的安装路径
CXX=mpiicpx cmake -B build \
-DELPA_DIR=~/abacus-develop/toolchain/install/elpa-2023.05.001/cpu/

# build
cmake --build build -j`nproc` 
# install
cmake --install build

常见问题和解决方法

  • 在开始构建之前，请清除原有的 build 目录。
rm -rf build
  • 找不到编译器，记得运行 vars 脚本设置 oneAPI 环境变量。
CMake Error at /usr/share/cmake-3.22/Modules/CMakeDetermineCXXCompiler.cmake:48 (message):
  Could not find compiler set in environment variable CXX:

  mpiicpx.

Call Stack (most recent call first):
  CMakeLists.txt:7 (project)


CMake Error: CMAKE_CXX_COMPILER not set, after EnableLanguage
-- Configuring incomplete, errors occurred!

# 请设置环境
. /opt/intel/oneapi/2024.2/oneapi-vars.sh
  • 找不到 elpa，请在配置时指定安装路径。
CMake Error in CMakeLists.txt:
  Imported target "ELPA::ELPA" includes non-existent path

    "/usr/include/elpa"

  in its INTERFACE_INCLUDE_DIRECTORIES.  Possible reasons include:

  * The path was deleted, renamed, or moved to another location.

  * An install or uninstall procedure did not complete successfully.

  * The installation package was faulty and references files it does not
  provide.


# 请指定ELPA_DIR（及其他自己手动构建的库）
CXX=mpiicpx cmake -B build \
-DELPA_DIR=~/abacus-develop/toolchain/install/elpa-2023.05.001/cpu/


#####
CXX=mpiicpx cmake -B build -DELPA_DIR=~/abacus-develop/toolchain/install/elpa-2023.05.001/cpu/
  • 期望使用 intel 工具链编译，但 cmake 显示使用 GNU 工具链。请使用 CXX=mpiicpx 指定编译器。
cmake -B build -DELPA_DIR=~/abacus-develop/toolchain/install/elpa-2023.05.001/cpu/
-- The CXX compiler identification is GNU 11.4.0
# CXX=mpiicpx cmake ...
# -- The CXX compiler identification is IntelLLVM 2024.2.0
  • cmake 提示编译器错误，请使用新版的 icpx/mpiicpx，而不是 icpc/mpiicpc
CMake Error at /usr/share/cmake-3.22/Modules/CMakeTestCXXCompiler.cmake:62 (message):
  The C++ compiler

    "/opt/intel/oneapi/2024.2/bin/mpiicpc"

  is not able to compile a simple test program.
  
  # use CXX=mpiicpx instead of CXX=mpiicpc

  • 运行了oneAPI配置环境变量脚本，但是链接错误

    • 请检查oneAPI HPC kits的安装；可进入installer查看当前安装的所有Toolkits和对应版本，见下条。
    • 使用/opt/intel/oneapi/2024.2/oneapi-vars.sh，而不是/opt/intel/oneapi/setvars.sh

  • 如果安装了多版本的 oneAPI 工具链，怀疑环境遭到破坏，可以使用 /opt/intel/oneapi/installer 中的 installer 工具修复和移除不需要版本以及更新。

cd /opt/intel/oneapi/installer
sudo ./installer

# 可以用Repair尝试修复环境
# 使用Remove移除不需要的组件
# 使用Update获得新版本
  • 如果遇到 libmpi.so 相关报错，可以用 locate 查看所有相关库。
locate libmpi.so
  • 运行算例或测试失败，请确保最新构建后运行了install命令，且没有因为权限不足安装失败。

参考

Abacus 文档

Easy Installation

一键配置编译 ABACUS | toolchain 脚本的使用

Intel oneAPI 编译 ABACUS 教程 · GitBook

elpa

documentation/INSTALL.md · master · elpa / elpa · GitLab

Intel 文档

Use the setvars and oneapi-vars Scripts with Linux*

Intel® C++ Compiler Classic Release Notes

Porting Guide for DPCPP or ICX

Porting Guide for ifort Users to ifx

Intel® oneAPI Base Toolkit Release Notes