diff --git a/package/CHANGELOG b/package/CHANGELOG index b53ffc987b..51ed2b16c4 100644 --- a/package/CHANGELOG +++ b/package/CHANGELOG @@ -16,11 +16,14 @@ The rules for this file: ------------------------------------------------------------------------------- ??/??/?? IAlibay, HeetVekariya, marinegor, lilyminium, RMeli, ljwoods2, aditya292002, pstaerk, PicoCentauri, BFedder, - tyler.je.reddy, SampurnaM, leonwehrhan, kainszs, orionarcher + tyler.je.reddy, SampurnaM, leonwehrhan, kainszs, orionarcher, + yuxuanzhuang * 2.8.0 Fixes + * Fix PSFParser error when encoutering string-like resids + * (Issue #2053, Issue #4189 PR #4582) * Fix `MDAnalysis.analysis.align.AlignTraj` not accepting writer kwargs (Issue #4564, PR #4565) * Fix #4259 via removing argument `parallelizable` of `NoJump` transformation. diff --git a/package/MDAnalysis/lib/util.py b/package/MDAnalysis/lib/util.py index fcbc6872ba..8600c390e1 100644 --- a/package/MDAnalysis/lib/util.py +++ b/package/MDAnalysis/lib/util.py @@ -205,6 +205,7 @@ from functools import wraps import textwrap import weakref +import itertools import mmtf import numpy as np @@ -2560,3 +2561,34 @@ def no_copy_shim(): else: copy = False return copy + + +def atoi(s: str) -> int: + """Convert the leading number part of a string to an integer. + + Parameters + ---------- + s : str + The string to convert to an integer. + + Returns + ------- + number : int + The first numeric part of the string converted to an integer. + If the string does not start with a number, 0 is returned. + + Examples + -------- + >>> from MDAnalysis.lib.util import atoi + >>> atoi('34f4') + 34 + >>> atoi('foo') + 0 + + + .. versionadded:: 2.8.0 + """ + try: + return int(''.join(itertools.takewhile(str.isdigit, s.strip()))) + except ValueError: + return 0 diff --git a/package/MDAnalysis/topology/PSFParser.py b/package/MDAnalysis/topology/PSFParser.py index b2a7095d07..1961d21c7b 100644 --- a/package/MDAnalysis/topology/PSFParser.py +++ b/package/MDAnalysis/topology/PSFParser.py @@ -48,7 +48,7 @@ from math import ceil import numpy as np -from ..lib.util import openany +from ..lib.util import openany, atoi from . import guessers from .base import TopologyReaderBase, squash_by, change_squash from ..core.topologyattrs import ( @@ -89,6 +89,10 @@ class PSFParser(TopologyReaderBase): - impropers .. _PSF: http://www.charmm.org/documentation/c35b1/struct.html + + + .. versionchanged:: 2.8.0 + PSFParser now reads string resids and converts them to integers. """ format = 'PSF' @@ -248,7 +252,8 @@ def _parseatoms(self, lines, atoms_per, numlines): } atom_parser = atom_parsers[self._format] # once partitioned, assigned each component the correct type - set_type = lambda x: (int(x[0]) - 1, x[1] or "SYSTEM", int(x[2]), x[3], + set_type = lambda x: (int(x[0]) - 1, x[1] or "SYSTEM", + atoi(x[2]), x[3], x[4], x[5], float(x[6]), float(x[7])) # Oli: I don't think that this is the correct OUTPUT format: diff --git a/testsuite/MDAnalysisTests/data/1a2c_ins_code.psf b/testsuite/MDAnalysisTests/data/1a2c_ins_code.psf new file mode 100644 index 0000000000..b30e1e3bba --- /dev/null +++ b/testsuite/MDAnalysisTests/data/1a2c_ins_code.psf @@ -0,0 +1,2086 @@ +PSF EXT CMAP XPLOR + + 3 !NTITLE +* GENERATED BY CHARMM-GUI (HTTP://WWW.CHARMM-GUI.ORG) V3.7 ON APR, 30. 2024. 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ARG CD CT2 0.200000 12.0110 0 + 395 PROA 14D ARG HD1 HA2 0.900000E-01 1.00800 0 + 396 PROA 14D ARG HD2 HA2 0.900000E-01 1.00800 0 + 397 PROA 14D ARG NE NC2 -0.700000 14.0070 0 + 398 PROA 14D ARG HE HC 0.440000 1.00800 0 + 399 PROA 14D ARG CZ C 0.640000 12.0110 0 + 400 PROA 14D ARG NH1 NC2 -0.800000 14.0070 0 + 401 PROA 14D ARG HH11 HC 0.460000 1.00800 0 + 402 PROA 14D ARG HH12 HC 0.460000 1.00800 0 + 403 PROA 14D ARG NH2 NC2 -0.800000 14.0070 0 + 404 PROA 14D ARG HH21 HC 0.460000 1.00800 0 + 405 PROA 14D ARG HH22 HC 0.460000 1.00800 0 + 406 PROA 14D ARG C C 0.510000 12.0110 0 + 407 PROA 14D ARG O O -0.510000 15.9994 0 + 408 PROA 14E GLU N NH1 -0.470000 14.0070 0 + 409 PROA 14E GLU HN H 0.310000 1.00800 0 + 410 PROA 14E GLU CA CT1 0.700000E-01 12.0110 0 + 411 PROA 14E GLU HA HB1 0.900000E-01 1.00800 0 + 412 PROA 14E GLU CB CT2A -0.180000 12.0110 0 + 413 PROA 14E GLU HB1 HA2 0.900000E-01 1.00800 0 + 414 PROA 14E GLU HB2 HA2 0.900000E-01 1.00800 0 + 415 PROA 14E GLU CG CT2 -0.280000 12.0110 0 + 416 PROA 14E GLU HG1 HA2 0.900000E-01 1.00800 0 + 417 PROA 14E GLU HG2 HA2 0.900000E-01 1.00800 0 + 418 PROA 14E GLU CD CC 0.620000 12.0110 0 + 419 PROA 14E GLU OE1 OC -0.760000 15.9994 0 + 420 PROA 14E GLU OE2 OC -0.760000 15.9994 0 + 421 PROA 14E GLU C C 0.510000 12.0110 0 + 422 PROA 14E GLU O O -0.510000 15.9994 0 + 423 PROA 14F LEU N NH1 -0.470000 14.0070 0 + 424 PROA 14F LEU HN H 0.310000 1.00800 0 + 425 PROA 14F LEU CA CT1 0.700000E-01 12.0110 0 + 426 PROA 14F LEU HA HB1 0.900000E-01 1.00800 0 + 427 PROA 14F LEU CB CT2 -0.180000 12.0110 0 + 428 PROA 14F LEU HB1 HA2 0.900000E-01 1.00800 0 + 429 PROA 14F LEU HB2 HA2 0.900000E-01 1.00800 0 + 430 PROA 14F LEU CG CT1 -0.900000E-01 12.0110 0 + 431 PROA 14F LEU HG HA1 0.900000E-01 1.00800 0 + 432 PROA 14F LEU CD1 CT3 -0.270000 12.0110 0 + 433 PROA 14F LEU HD11 HA3 0.900000E-01 1.00800 0 + 434 PROA 14F LEU HD12 HA3 0.900000E-01 1.00800 0 + 435 PROA 14F LEU HD13 HA3 0.900000E-01 1.00800 0 + 436 PROA 14F LEU CD2 CT3 -0.270000 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# psf without a segid, Issue 121 "PSF_cmap", # ala3 PSF from ParmEd test files with cmap + "PSF_inscode", # PSF file with insertion codes "PDB_small", # PDB "PDB_closed", "PDB_multiframe", @@ -314,6 +315,8 @@ PSF_cmap = (_data_ref / 'parmed_ala3.psf').as_posix() +PSF_inscode = (_data_ref / '1a2c_ins_code.psf').as_posix() + PDB_varying = (_data_ref / 'varying_occ_tmp.pdb').as_posix() PDB_small = (_data_ref / 'adk_open.pdb').as_posix() PDB_closed = (_data_ref / 'adk_closed.pdb').as_posix() diff --git a/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_psf.py b/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_psf.py index 950d756758..72a4622c1b 100644 --- a/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_psf.py +++ b/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_psf.py @@ -32,6 +32,7 @@ PSF_nosegid, PSF_notop, PSF_NAMD, + PSF_inscode, XYZ_psf, XYZ, ) @@ -157,3 +158,8 @@ def test_psf_nosegid(): assert isinstance(u, mda.Universe) assert u.atoms.n_atoms == 98 assert_equal(u.segments.segids, ["SYSTEM"]) + +def test_psf_inscode(): + """Issue #2053 and #4189""" + u = mda.Universe(PSF_inscode) + assert_equal(u.residues.resids[:3], [1, 1, 1]) \ No newline at end of file