Nuevos paquetes de R o Python para añadir al JupyterHub

[emiliom]

Añadan aquí los paquetes que utilizen en sus tutoriales, que no se encuentran ya disponibles en los entornos de Python y R en el JupyterHub. Para verificar si el paquete ya está incluído, consulten estos archivos por medio de una simple búsqueda:

• Python:
  • conda-forge: https://github.com/oceanhackweek/jupyter-image/blob/main/py-base/conda-linux-64.lock
• R:
  • conda-forge: https://github.com/oceanhackweek/jupyter-image/blob/main/r/conda-linux-64.lock
  • CRAN y github (bloque marcado en amarillo): https://github.com/oceanhackweek/jupyter-image/blob/main/r/Dockerfile#L78-L96

Si no aparece ahí el nombre del paquete, por favor inclúyanlo en este issue lo antes posible. Yo lo añadiré a la "imagen" correspondiente.

Por cada petición de paquetes, incluyan:

• Python o R
• Nombre del paquete
• Se encuentra en conda-forge? Pueden consultarlo aquí https://conda-forge.org/feedstock-outputs/. Incluir el nombre exacto usado en conda-forge.
• Si no está en conda-forge, donde se encuentra? CRAN? PyPI? GitHub? Incluir el enlace a la fuente del paquete, y el nombre exacto usado en esa fuente

[lidefi87]

En mi primer tutorial tengo los siguientes paquetes de R: tidyverse, rerddap, raster, lubridate, RColorBrewer, y rnaturalearth. El segundo tutorial aún no lo termino porque sigo en búsqueda de un mejor set de datos. Este fin de semana lo termino.

[emiliom]

Gracias Denisse. Chequié en https://github.com/oceanhackweek/jupyter-image/blob/main/r/conda-linux-64.lock, y todos esos paquetes ya se encuentran en el entorno. Perfecto!

[LauraGomezNavarro]

En el tutorial de datos online uso (solo python): numpy, matplotlib , cartopy , xarray , cf_xarray , folium , seawater , palettable , datetime , json , `erddapy

[emiliom]

Gracias Laura. Todos esos paquetes se encuentran en el entorno Python (https://github.com/oceanhackweek/jupyter-image/blob/main/py-base/conda-linux-64.lock). datetime y json son parte del standard library.

[LauraGomezNavarro]

Gracias Emilio. Para uno de los proyectos que no estamos planteando proponer nos haría falta un paquete bastante específico: parcels (conda create-c conda-forge parcels, https://oceanparcels.org/#installing).

[emiliom]

Paquetes a añadir en la próxima actualización de los entornos del jupyterhub:

Python

• parcels (conda-forge)
• windrose (conda-forge)

R

• r-palmerpenguins (conda-forge)
• satin (CRAN)
• echogram (https://github.com/hvillalo/echogram). Dependencias de echogram, que hay que instalar explícitamente:
  • r-mmand (conda-forge)
  • readHAC (CRAN)

[davecorrea]

Emilio, acabo de verificar que los paquetes que utilizó ya los mencionaron y se encuentran instalados, solo quedaría instalar la librería windrose de Python. Por favor podrías instalarlo [https://pypi.org/project/windrose].

[emiliom]

Muchas gracias @davecorrea . Ya confirmé que el paquete conda se encuentra en conda-forge, así que no anticipo ningún problema.

[hvillalo]

Emilio, en mi caso faltaría palmerpenguins, satin y echogram y sus dependencias. En el caso de echogram, necesitaría la versión del github (https://github.com/hvillalo/echogram). Otros paquetes que uso pero que ya aparecen en los enlaces que indicaste son sp, lubridate, lattice y ggplot2. Gracias!

[emiliom]

Gracias @hvillalo . palmerpenguins está en conda-forge y satin en CRAN. No espero ningún problema, pero como no sé mucho de R, no sé si las dependencias de echogram también se instalarán fácilmente.

Haré la actualización de los entornos mañana viernes después de la reunión.

[emiliom]

@hvillalo me podrías apuntar a un archivo que enumere las dependencias de echogram? Es la lista en https://github.com/hvillalo/echogram/blob/master/DESCRIPTION, bajo Imports:?

[hvillalo]

Hola Emilio, Muchas gracias! Si, esas son las dependenecias, básicamente faltaría geosphere, readHAC, pals, mmand, data.table, plyr Pendientes y gracias de nuevo por todo. Héctor

…

-- Dr. Héctor Villalobos ***@***.******@***.***)> Depto. de Pesquerías y Biología Marina Instituto Politécnico Nacional-Centro Interdisciplinario de Ciencias Marinas CICIMAR-I.P.N. A.P. 592. Colonia Centro La Paz, Baja California Sur, MÉXICO. 23000 Tels.: (+52 612) 122 53 44; 123 46 58; 123 47 34 ext.: 81602 Fax: (+52 612) 122 53 22 Sent with [Proton Mail](https://proton.me/) secure email.

------- Original Message -------

On Friday, February 24th, 2023 at 1:06 PM, Emilio Mayorga ***@***.***> wrote: ***@***.***(https://github.com/hvillalo) me podrías apuntar a un archivo que enumere las dependencias de echogram? Es la lista en https://github.com/hvillalo/echogram/blob/master/DESCRIPTION, bajo Imports:? — Reply to this email directly, [view it on GitHub](#1 (comment)), or [unsubscribe](https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AGEV2ACAOYL72GQRVLCA563WZEBEDANCNFSM6AAAAAAVCY4XCQ). You are receiving this because you were mentioned.Message ID: ***@***.***>

[emiliom]

Gracias. Parece que los únicos que no tenemos ya en el entorno son readHAC y mmand. pals lo tenemos, pero por favor confirmame si es https://github.com/kwstat/pals

Para readHAC y mmand, me podrías decir las fuentes de los paquetes, si CRAN o github? Y si es github, el enlace.

[emiliom]

Perdón, una actualización: mmand está en conda-forge. Entonces sólo necesito la información de readHAC y la confirmación de pals

[emiliom]

Asumo que readHAC es este paquete de CRAN? https://cran.r-project.org/web/packages/readHAC/index.html

[hvillalo]

Hola de nuevo Emilio, Si, readHAC es el de CRAN. pals es la misma versión que esta en CRAN y github. Yo tengo el de CRAN.

…

-- Dr. Héctor Villalobos ***@***.******@***.***)> Depto. de Pesquerías y Biología Marina Instituto Politécnico Nacional-Centro Interdisciplinario de Ciencias Marinas CICIMAR-I.P.N. A.P. 592. Colonia Centro La Paz, Baja California Sur, MÉXICO. 23000 Tels.: (+52 612) 122 53 44; 123 46 58; 123 47 34 ext.: 81602 Fax: (+52 612) 122 53 22 Sent with [Proton Mail](https://proton.me/) secure email.

------- Original Message -------

On Friday, February 24th, 2023 at 3:06 PM, Emilio Mayorga ***@***.***> wrote: Asumo que readHAC es este paquete de CRAN? https://cran.r-project.org/web/packages/readHAC/index.html — Reply to this email directly, [view it on GitHub](#1 (comment)), or [unsubscribe](https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AGEV2ABWN4I4R7T5TPJMTBDWZEPGLANCNFSM6AAAAAAVCY4XCQ). You are receiving this because you were mentioned.Message ID: ***@***.***>

[emiliom]

Gracias! No sé si en el pasado alguien escogió la versión de pals de github por compatibilidad con otro paquete. Voy a comparar los dos, pero trataré de usar el de CRAN.

[emiliom]

Por lo que veo no parece haber gran diferencia con pals entre lo que está en github y en CRAN. Creo que hay un poco menos riesgo para el entorno del JupyterHub si mantengo el uso del paquete de github, entonces eso haré.

[emiliom]

Hola. Ya actualizamos el jupyterhub con los nuevos paquetes.

• El entorno de Python está bien, y aparecen los dos nuevos paquetes.
• El entorno de R y RStudio también funciona. Pero yo no sé como confirmar que los nuevos paquetes están ahí y funcionan bien. Pero el de R causó problemas y por ahora RStudio no funciona! Ya reporté el problema y voy a esperar a ver qué diagnostican. Los mantendré al tanto.

[lidefi87]

@emiliom, acabo de caer en cuenta que el paquete forecast de R no está incluido en el ambiente. ¿Sería posible instalarlo? Lo vamos a usar en la sesión del miércoles. Disculpa por la demora en avisarte, no tuve tiempo de terminar el segundo tutorial hasta este fin de semana.

[emiliom]

Hola @lidefi87 . Heh, yo también descubrí hoy que tengo un paquete que voy a usar, de Python, que no había identificado porque hasta ayer y hoy he podido enfocarme bien en mi primer tutorial.

forecast no está en conda-forge, así que asumo que querés el de CRAN, https://cran.r-project.org/web/packages/forecast/index.html?

[lidefi87]

Gracias por responded tan pronto 😊 la versión de CRAN estaría bien, no tengo necesidad de una versión específica

[emiliom]

Hola de nuevo. Una complicación con los paquetes de R que no están en conda-forge es que parece que la resolución de dependencias no funciona bien. Entonces, tenemos que extraer manualmente la lista de dependencias del paquete, para incluirlas explícitamente. He hecho esto con forecast (del archivo https://github.com/robjhyndman/forecast/blob/master/DESCRIPTION), y esta es la lista de dependencias que no están ya en el entorno: fracdiff, graphics, lmtest, stats, tseries, urca. También parallel, pero te quería preguntar si no es lo mismo que doparallel o parallelly.

Ahora habrá que cruzar los dedos para que ninguna de esas dependencias tengan otras dependencias que no están instaladas! Probablemente no es prudente tratar de hacerlo hoy, el día antes del primer día.

[emiliom]

Paquetes a añadir en la próxima actualización de los entornos del jupyterhub:

Python

• rasterstats (conda-forge)

R

• forecast (CRAN). Dependencias que hay que instalar explícitamente:
  • r-fracdiff (conda-forge)
  • r-lmtest (conda-forge)
  • r-tseries (conda-forge)
  • r-urca (conda-forge)
  • graphics (CRAN?)
  • stats (CRAN?)
  • parallel ??

[emiliom]

@lidefi87 podrías confirmar mis preguntas sobre graphics, stats y parallel?

• graphics: de CRAN?
• stats: de CRAN?
• parallel: es diferente de doparallel y parallelly? Si es así, de donde lo tomamos, de CRAN?

[lidefi87]

Generalmente si se hace una instalación desde CRAN, todas las dependencias son instaladas automáticamente. Si este no es el caso, yo instalaría las que están disponibles en CRAN para evitar cualquier problema. Aunque para serte honesta, nunca he tenido que hacer esto, así que no estoy del todo segura que instalar paquetes desde conda resulte en problemas.

Según la página de forecast en CRAN, estas son las dependencias:
colorspace, fracdiff, generics (≥ 0.1.2), ggplot2 (≥ 2.2.1), graphics, lmtest, magrittr, nnet, parallel, Rcpp (≥ 0.11.0), stats, timeDate, tseries, urca, zoo.

En cuanto a parallel, al parecer no es lo mismo que doparallel o parallelly.

[emiliom]

Gracias. Ahorita que estoy en RStudio noté que en el panel de arriba a la derecha, cuando selecciono "Global Environment", el drop down que aprece incluye "package:stats" y "package:graphics". Que casualidad más extraña! Podrías confirmar que efectivamente están instaladas? Si es así, el trabajo será más fácil.

[lidefi87]

Confirmo, a mí también me incluye stats y graphics bajo el Global Environment.

[emiliom]

@lidefi87 no encuentro parallel en CRAN. En cambio, parece que parallely es un paquete diseñado para sustituir directamente a parallel: https://parallelly.futureverse.org/
parallely ya está presente en el entorno.

¿Que pensás? ¿Es algo que podrías probar localmente, y me avisás si funciona? Estoy preparando la adición de paquetes de R que necesitás.

[lidefi87]

No estoy segura. ¿Te parece si lo dejamos como está? Yo lo instalé directamente en mi sesión y no demoró nada. Quizás esta sea la mejor opción.

[emiliom]

Anoche actualizamos el entorno con forecast, fractdiff, lmtest, tseries y urca. Cuando lo probés, talvez podés probar si parallely funciona como sustituto de parallel.