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setwd("C:/Users/Free/Meu Drive ([email protected])/11.R CORE TEAM/1_BANCO_DE_SCRIPTS/TRIFATORIAL_ARACA")
dad<- read.table("araca_quebra.txt", header = TRUE)
#analise exploratoria dos dados
media<-mean(dad$ger);media
ger<-dad$ger #criar objeto
sd(ger); #variancia
sqrt(var(ger)) #desvio padrao
cv<-sqrt(var(ger))/media*100; cv #coeficiente de variacao
range (ger) #amplitude total
#ger
library(ExpDes.pt)
fat3.dic(dad$frio, dad$solucao, dad$tempo, dad$ger, quali = c(TRUE, TRUE, TRUE), mcomp = "duncan",
fac.names = c("frio", "solucao", "tempo"), sigT = 0.05, sigF = 0.05)
hist(ger)
qqnorm(ger)
qqline(ger)
attach(dad)
boxplot(ger ~ frio*solucao*tempo)
plot(frio,ger)
library("MASS")
boxcox(ger~frio*solucao*tempo, data=dad, plotit=T)
boxcox(ger ~ frio*solucao*tempo, data=dad, lam=seq(1, 3, 1/10))
ger_t<- (dad$ger^(2.4) - 1)/2.4
dad["ger_t"]<-ger_t #criou-se a coluna ger_t
fat3.dic(dad$frio, dad$solucao, dad$tempo, dad$ger_t, quali = c(TRUE, TRUE, TRUE), mcomp = "duncan",
fac.names = c("frio", "solucao", "tempo"), sigT = 0.05, sigF = 0.05)
# testando transformações diversas
ger_r<- sqrt(dad$ger) ##transformado por raiz de x
ger_rx<- sqrt(dad$ger)+sqrt(dad$ger+1) ##transformado por raiz de x + raiz de x+1
ger_r1<- sqrt(dad$ger+1) ##transformado por raiz de x+1
ger_l<- log(dad$ger+1) ##transformado por log x+1
ger_a<- asin(sqrt(dad$ger/100))*(180/pi) ##transformado por arco seno raiz x/100
ger_10<- log10(dad$ger) ##transformado por log 10
ger_arc<- asin(dad$ger) ##transformado por arco seno
dad["ger_arc"]<-ger_arc
# obs: nao aceitou nenhum tipo de transformacao, mais perto foi lambda 2,4
#IVG
fat3.dic(dad$frio, dad$solucao, dad$tempo, dad$ivg, quali = c(FALSE, TRUE, TRUE), mcomp = "duncan",
fac.names = c("frio", "solucao", "tempo"), sigT = 0.05, sigF = 0.05) # resíduos nao normais
boxcox(ivg~frio*solucao*tempo, data=dad, plotit=T)
boxcox(ivg ~ frio*solucao*tempo, data=dad, lam=seq(0, 1, 1/10))
##testando tranformacoes de variaveis diversas
ivg_t <- (dad$ivg^(0.8) - 1)/0.8 # boxcox lambda=0.8
#ivg_r<- sqrt(dad$ivg) ##transformado por raiz de x
#ivg_rx<- sqrt(dad$ivg)+sqrt(dad$ivg+1) ##transformado por raiz de x + raiz de x+1
#ivg_r1<- sqrt(dad$ivg+1) ##transformado por raiz de x+1
#ivg_l<- log(dad$ivg+1) ##transformado por log x+1
#ivg_a<- asin(sqrt(dad$ivg/100))*(180/pi) ##transformado por arco seno raiz x/100
#ivg_10<- log10(dad$ivg) ##transformado por log 10
#$ivg_arc<- asin(dad$ivg) ##transformado por arco seno
dad["ivg_t"]<-ivg_t # utilizou-se esta para o IVG porem ainda não atendeu
fat3.dic(dad$frio, dad$solucao, dad$tempo, dad$ivg_t, quali = c(FALSE, TRUE, TRUE), mcomp = "duncan",
fac.names = c("frio", "solucao", "tempo"), sigT = 0.05, sigF = 0.05)
##grafico
library(ggplot2)
library(dplyr)
### 1 parte da 1 interacao
### separar os niveis dos fatores para interacao solucao x frio
nenhuma<-filter(dad, solucao=="nada")
H2O<- filter(dad, solucao=="H2O")
hipo_5<- filter(dad, solucao=="5")
GA3_100<- filter(dad, solucao=="100")
GA3_300<- filter(dad, solucao=="300")
## 2 parte
dnenhuma<-tapply (nenhuma$ivg, nenhuma$frio, mean) #reconhecer o eixo x e y (do nivel nenhuma)
d1nenhuma<-data.frame(ivg=dnenhuma,frio=c(0,5,10,15,20)) #colocados de forma manual
dH2O<-tapply (H2O$ivg, H2O$frio, mean) #reconhecer o eixo x e y (do nivel nenhuma)
d1H2O<-data.frame(ivg=dH2O,frio=c(0,5,10,15,20)) #colocados de forma manual
dhipo_5<-tapply (hipo_5$ivg, hipo_5$frio, mean) #reconhecer o eixo x e y (do nivel hipo_5)
d1hipo_5<-data.frame(ivg=dhipo_5,frio=c(0,5,10,15,20)) #colocados de forma manual
dGA3_100<-tapply (GA3_100$ivg, GA3_100$frio, mean) #reconhecer o eixo x e y (do nivel GA3 100)
d1GA3_100<-data.frame(ivg=dGA3_100,frio=c(0,5,10,15,20)) #colocados de forma manual
dGA3_300<-tapply (GA3_300$ivg, GA3_300$frio, mean) #reconhecer o eixo x e y (do nivel hGA3 300)
d1GA3_300<-data.frame(ivg=dGA3_300,frio=c(0,5,10,15,20)) #colocados de forma manual
### 3 parte
##do H2O
ggplot(data=dad)+
geom_point(data= d1H2O, mapping=aes(x=frio, y=ivg),size=2.5)+
geom_smooth(data= d1H2O, mapping = aes (x=frio, y= ivg),
method= "lm",
formula=y~poly(x,2),
se= F, color= "black")+
labs (x="stratification period (days)", y="germination rate index (IVG)") + #colocar o titulo do eixo x
geom_text(data=d1H2O,aes(x=max(frio), y=min(ivg), label= "y= 4,3632 x^2 - 0,2545x - 0,0066 R^2: 0,99"),
hjust=1.2, size=4.5)+
ggtitle("H2O")+
theme_classic()
#ggsave(filename= "h2o_en.jpg", device= "jpg", dpi= 300, scale=1)
#do nenhuma
ggplot(data=dad)+
geom_point(data= d1nenhuma, mapping=aes(x=frio, y=ivg),size=2.5)+
geom_smooth(data= d1nenhuma, mapping = aes (x=frio, y= ivg),
method= "lm",
formula=y~poly(x,2),
se= F, color= "black")+
labs (x="stratification period (days)", y="germination rate index (IVG)") + #colocar o titulo do eixo x
geom_text(data=d1nenhuma,aes(x=max(frio), y=min(ivg), label= "y= 3,6667 x? - 0,2372 x - 0,0085 r?: 0,81"),
hjust=1.2, size=4.5)+
ggtitle("Nenhuma")+
theme_classic()
#ggsave(filename= "nenhuma_en.jpg", device= "jpg", dpi= 300, scale=1)
#do hipo_5
ggplot(data=dad)+
geom_point(data= d1hipo_5, mapping=aes(x=frio, y=ivg),size=2)+
geom_smooth(data= d1hipo_5, mapping = aes (x=frio, y= ivg),
method= "lm",
formula=y~x, #linear
se= FALSE, color= "black")+
labs (x="Dias de estratifica??o", y="?ndice de velocidade de germina??o(IVG)", y="iVG") + #colocar o titulo do eixo x
geom_text(data=d1hipo_5,aes(x=max(frio), y=min(ivg), label= "y= 3,896 x - 0,1052 r?: 0,98"),
hjust=1.2, size=4.5)+
ggtitle("NaClO 5%")+
theme_classic()
#ggsave(filename= "hipoclo_pt.jpg", device= "jpg", dpi= 300, scale=1)
#GA3 100
ggplot(data=dad)+
geom_point(data= d1GA3_100, mapping=aes(x=frio, y=ivg),size=2)+
geom_smooth(data= d1GA3_100, mapping = aes (x=frio, y= ivg),
method= "lm",
formula=y~x, #linear
se= FALSE, color= "black")+
labs (x="Dias de estratifica??o", y="?ndice de velocidade de germina??o (IVG)") + #colocar o titulo do eixo x
geom_text(data=d1GA3_100,aes(x=max(frio), y=min(ivg), label= "y= 2,86 x + 0,0451 r?: 0,85"),
hjust=1.2, size=4.5)+
ggtitle("GA3 100 mg L-1")+
theme_classic()
#ggsave(filename= "ga3_100_pt.jpg", device= "jpg", dpi= 300, scale=1)
#GA3 300 # nao significativo
ggplot(data=dad)+
geom_hline(yintercept = mean(d1GA3_300$ivg))+
geom_point(data=d1GA3_300, mapping = aes(x=frio, y=ivg), size=2)+
labs (x="Dias de estratifica??o", y="?ndice de velocidade de germina??o (IVG)") +
geom_text(data=d1GA3_100,aes(x=max(frio), y=min(ivg), label= "y= N?o significativo "),
hjust=1.2, size=4.5)+
ggtitle("GA3 300 mg L-1")+
theme_classic()
#ggsave(filename= "ga3_300_pt.jpg", device= "jpg", dpi= 300, scale=1)
## 1° parte da 2 interacao
### separar os niveis dos fatores para interacao tempo x frio
h6<-filter(dad, tempo=="6")
h12<- filter(dad, tempo=="12")
h24<- filter(dad, tempo=="24")
## 2 parte
dh6<-tapply (h6$ivg, h6$frio, mean) #reconhecer o eixo x e y (do nivel nenhuma)
d1h6<-data.frame(ivg=dh6,frio=c(0,5,10,15,20)) #colocados de forma manual
dh12<-tapply (h12$ivg, h12$frio, mean) #reconhecer o eixo x e y (do nivel nenhuma)
d1h12<-data.frame(ivg=dh12,frio=c(0,5,10,15,20)) #colocados de forma manual
dh24<-tapply (h24$ivg, h24$frio, mean) #reconhecer o eixo x e y (do nivel hipo_5)
d1h24<-data.frame(ivg=dh24,frio=c(0,5,10,15,20)) #colocados de forma manual
#do 6 horas
ggplot(data=dad)+
geom_point(data= d1h6, mapping=aes(x=frio, y=ivg),size=2)+
geom_smooth(data= d1h6, mapping = aes (x=frio, y= ivg),
method= "lm",
formula=y~poly(x,2),
se= FALSE, color= "black")+
labs (x="stratification period (days)", y="germination rate index (IVG)", y="iVG") + #colocar o titulo do eixo x
geom_text(data=d1h6,aes(x=max(frio), y=min(ivg), label= "y= 3,528 x? - 0,0988 x + 0,0027 r?: 0,91"),
hjust=1.2, size=4.5)+
ggtitle("6 horas")+
theme_classic()
#ggsave(filename= "6h_en.jpg", device= "jpg", dpi= 300, scale=1)
#de 12 horas
ggplot(data=dad)+
geom_point(data= d1h12, mapping=aes(x=frio, y=ivg),size=2)+
geom_smooth(data= d1h12, mapping = aes (x=frio, y= ivg),
method= "lm",
formula=y~x, #linear
se= FALSE, color= "black")+
labs (x="Per?odo de estratifica??o", y="?ndice de velocidade de germina??o (IVG)") + #colocar o titulo do eixo x
geom_text(data=d1h12,aes(x=max(frio), y=min(ivg), label= "y= 3,322 x + 0,0481 r?: 0,84"),
hjust=1.2, size=4.5)+
ggtitle("12 horas")+
theme_classic()
# ggsave(filename= "12h_pt.jpg", device= "jpg", dpi= 300, scale=1)
#do 24 horas
ggplot(data=dad)+
geom_point(data= d1h24, mapping=aes(x=frio, y=ivg),size=2)+
geom_smooth(data= d1h24, mapping = aes (x=frio, y= ivg),
method= "lm",
formula=y~poly(x,2),
se= FALSE, color= "black")+
labs (x="Per?odo de estratifica??o", y="?ndice de velocidade de germina??o (IVG)", y="iVG") + #colocar o titulo do eixo x
geom_text(data=d1h24,aes(x=max(frio), y=min(ivg), label= "y= 3,552 x? - 0,111 x + 0,0031 r?: 0,84"),
hjust=1.2, size=4.5)+
ggtitle("24 horas")+
theme_classic()
# ggsave(filename= "24h_pt.jpg", device= "jpg", dpi= 300, scale=1)
#TM
fat3.dic(dad$frio, dad$solucao, dad$tempo, dad$tm, quali = c(F, TRUE, TRUE), mcomp = "duncan",
fac.names = c("frio", "solucao", "tempo"), sigT = 0.05, sigF = 0.05)
##explorando dados
media<-mean(dad$tm);media
tm<-dad$tm #criar objeto
sd(tm); #variancia
sqrt(var(tm)) #desvio padrao
cv<-sqrt(var(tm))/media*100; cv #coeficiente de variacao
range (tm) #amplitude total
hist(tm)
qqnorm(tm)
qqline(tm)
boxplot(tm ~ frio*solucao*tempo)
## grafico do fator frio
frio <- filter(dad,frio)
dfrio<-tapply (dad$tm, dad$frio, mean) #reconhecer o eixo x e y (do fator frio)
d1frio<-data.frame(tm=dfrio,frio=c(0,5,10,15,20)) #colocados de forma manual
ggplot(data=dad)+
geom_point(data= d1frio, mapping=aes(x=frio, y=tm),size=2)+
geom_smooth(data= d1frio, mapping = aes (x=frio, y= tm),
method= "lm",
formula=y~x,
se= F, color= "black")+
labs (x="Per?odo de estratifica??o", y="Tempo m?dio de germina??o (TMG)", size= 3) + #colocar o titulo do eixo x
geom_text(data=d1frio,aes(x=max(frio), y=min(tm), label= "y= 20,47 x? +0,0644 r?: 0.51"),
hjust=1.2, size=4.5)+
theme_classic()
# ggsave(filename= "tmg_frio_pt.jpg", device= "jpg", dpi= 300, scale=1)